More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3029 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
652 aa  1294    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.73 
 
 
695 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.95 
 
 
819 aa  247  4.9999999999999997e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.66 
 
 
801 aa  244  3e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0231  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.22 
 
 
844 aa  233  6e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.794534  normal  0.63544 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3371  histidine kinase  33.82 
 
 
887 aa  230  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.564838 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.14 
 
 
819 aa  229  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0886  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.67 
 
 
842 aa  226  7e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435524 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.18 
 
 
804 aa  223  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  27.84 
 
 
1379 aa  223  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.38 
 
 
1262 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  30.77 
 
 
1258 aa  218  2e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  29.6 
 
 
1005 aa  218  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1502  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.31 
 
 
952 aa  218  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.41 
 
 
1053 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.07 
 
 
1076 aa  213  9e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1412  sensor histidine kinase/response regulator  30.6 
 
 
737 aa  211  3e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.281366  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
630 aa  209  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_002936  DET1016  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  28.01 
 
 
1258 aa  207  4e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 
673 aa  207  7e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.16 
 
 
1105 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
631 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.73 
 
 
632 aa  195  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2081  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.16 
 
 
899 aa  195  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  26.7 
 
 
1092 aa  194  3e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 
809 aa  194  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0581395 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 
534 aa  193  7e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.24 
 
 
1106 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.23 
 
 
943 aa  191  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 
1050 aa  191  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  27.26 
 
 
1328 aa  190  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
519 aa  189  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
634 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.49 
 
 
962 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
515 aa  188  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.08 
 
 
657 aa  188  3e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.24 
 
 
1079 aa  188  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2028  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.04 
 
 
1247 aa  187  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.138072 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
500 aa  187  7e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
457 aa  187  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  35.25 
 
 
512 aa  186  9e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 
510 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.75 
 
 
513 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.99 
 
 
515 aa  186  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0435  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.96 
 
 
703 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  27.55 
 
 
1561 aa  183  7e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2812  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
495 aa  183  8.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
501 aa  183  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 
398 aa  183  9.000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3516  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.54 
 
 
614 aa  182  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.166046 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4387  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.34 
 
 
946 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0127  sensory box sensor histidine kinase  27.88 
 
 
1061 aa  182  2e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2710  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
756 aa  182  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.438958  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4846  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.79 
 
 
701 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.110474 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 
510 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
526 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.7 
 
 
501 aa  180  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 
524 aa  180  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2537  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.68 
 
 
1222 aa  180  8e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.25 
 
 
527 aa  179  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.18 
 
 
1433 aa  178  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2766  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.43 
 
 
717 aa  179  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.947572  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3002  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.02 
 
 
1234 aa  178  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.131007 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_134  sensor histidine kinase  26.88 
 
 
1062 aa  178  3e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4645  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.54 
 
 
644 aa  177  7e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224961  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.98 
 
 
953 aa  176  9e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5807  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.09 
 
 
990 aa  176  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
499 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4367  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
800 aa  176  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.522603  normal  0.113968 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 
789 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 
789 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.07 
 
 
630 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.21488  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
851 aa  175  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
514 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2807  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
505 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  27.6 
 
 
1109 aa  175  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 
508 aa  175  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 
513 aa  175  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2019  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 
1016 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.25506  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.75 
 
 
668 aa  173  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
795 aa  172  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0114838  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 
494 aa  172  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0463  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.47 
 
 
642 aa  172  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.683271 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5814  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
583 aa  171  4e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.552615  normal  0.0161436 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.93 
 
 
1168 aa  171  5e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.09 
 
 
660 aa  171  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.92 
 
 
789 aa  170  6e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1737  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.99 
 
 
720 aa  170  6e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166788  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.34 
 
 
1415 aa  170  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.43 
 
 
393 aa  170  8e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.3 
 
 
653 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1684  histidine kinase  34.02 
 
 
701 aa  169  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1934  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.99 
 
 
720 aa  169  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668168  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.23 
 
 
871 aa  169  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1904  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.73 
 
 
651 aa  169  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326262  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
1338 aa  169  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.216357  normal  0.0407933 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.23 
 
 
1134 aa  169  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2548  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
861 aa  169  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.49 
 
 
750 aa  169  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.129426  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0598  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 
852 aa  169  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>