More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1343 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  84.48 
 
 
508 aa  887    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  63.26 
 
 
511 aa  662    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  68.4 
 
 
503 aa  665    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  87.03 
 
 
510 aa  911    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  72.66 
 
 
513 aa  757    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
510 aa  1038    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  66.73 
 
 
494 aa  687    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.33 
 
 
519 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.37 
 
 
527 aa  498  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  65.48 
 
 
501 aa  489  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.96 
 
 
526 aa  485  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  54.49 
 
 
513 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  51.5 
 
 
512 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.5 
 
 
515 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.44 
 
 
512 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  56.82 
 
 
630 aa  457  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  60.65 
 
 
515 aa  443  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  53 
 
 
524 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  60.92 
 
 
500 aa  443  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  56.47 
 
 
514 aa  434  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  58.77 
 
 
501 aa  431  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  58.74 
 
 
457 aa  425  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.9 
 
 
634 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  55.64 
 
 
509 aa  416  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.93 
 
 
631 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.19 
 
 
534 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.26 
 
 
608 aa  352  1e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.04 
 
 
379 aa  344  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.35 
 
 
851 aa  295  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.12 
 
 
398 aa  294  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.96 
 
 
692 aa  279  9e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.82 
 
 
461 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.69 
 
 
473 aa  261  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51 
 
 
471 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  53.41 
 
 
472 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.96 
 
 
673 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  28.63 
 
 
1255 aa  205  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
662 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
632 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.02 
 
 
799 aa  197  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
680 aa  196  7e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 
773 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.37 
 
 
902 aa  192  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.17 
 
 
666 aa  191  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  42.8 
 
 
857 aa  189  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
553 aa  189  7e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2452  multisensor signal transduction histidine kinase  38.37 
 
 
556 aa  188  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.413199  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.67 
 
 
393 aa  188  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
748 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
885 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1722  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
879 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.206152  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
879 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2613  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
835 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336024  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
846 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.25 
 
 
842 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
885 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
835 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  39.69 
 
 
835 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.25 
 
 
858 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  38.38 
 
 
1845 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.4 
 
 
870 aa  182  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.31 
 
 
838 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.372664  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.55 
 
 
857 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0135401 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1132  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.31 
 
 
838 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0594373  normal  0.673452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.42 
 
 
652 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.5 
 
 
845 aa  181  4e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0810932  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1302  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.09 
 
 
871 aa  181  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.465043  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1620  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  27.79 
 
 
927 aa  180  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.831264  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
763 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2175  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
838 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2138  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
838 aa  179  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2156  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
838 aa  179  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.494862  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2048  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
838 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.991509  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  27.73 
 
 
1629 aa  178  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5939  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.55 
 
 
838 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.24433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0208  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 
708 aa  177  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.832424 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25270  sensory histidine protein kinase  30.34 
 
 
600 aa  177  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  29.54 
 
 
758 aa  177  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2592  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 
838 aa  177  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.625327  hitchhiker  0.00109138 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4654  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.26 
 
 
707 aa  177  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.35 
 
 
975 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4653  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.43 
 
 
709 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.686575  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.06 
 
 
841 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5157  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
683 aa  174  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.219035  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 
902 aa  174  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1471  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.67 
 
 
841 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
733 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  36.71 
 
 
1833 aa  174  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 
1211 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  28.38 
 
 
823 aa  173  5.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
803 aa  173  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 
632 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0847  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 
689 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 
632 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 
632 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 
1000 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 
640 aa  172  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  42.21 
 
 
355 aa  170  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  27.94 
 
 
811 aa  170  7e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3895  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
698 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.249518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>