More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5550 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
803 aa  1643    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
1000 aa  349  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  45.65 
 
 
657 aa  338  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.35 
 
 
713 aa  323  9.000000000000001e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.97 
 
 
886 aa  315  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.19 
 
 
875 aa  312  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
796 aa  273  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 
733 aa  264  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5710  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  39.51 
 
 
515 aa  257  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.107455 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
640 aa  253  9.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
1211 aa  241  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 
759 aa  237  8e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  47.27 
 
 
1845 aa  233  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.49 
 
 
729 aa  230  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
1211 aa  224  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
484 aa  223  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.35 
 
 
739 aa  218  2.9999999999999998e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  40.93 
 
 
1833 aa  210  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  44.96 
 
 
1697 aa  209  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
632 aa  207  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
632 aa  207  8e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
632 aa  207  8e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.6 
 
 
975 aa  204  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37 
 
 
902 aa  203  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  41.39 
 
 
355 aa  202  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  39.62 
 
 
1822 aa  201  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 
851 aa  201  5e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
748 aa  200  9e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 
779 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  42.13 
 
 
355 aa  197  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  41.03 
 
 
406 aa  197  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
773 aa  195  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
636 aa  192  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.28 
 
 
427 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  42.02 
 
 
1712 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  39.06 
 
 
1837 aa  191  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  42.92 
 
 
356 aa  191  5e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  42.31 
 
 
357 aa  190  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  40.86 
 
 
1836 aa  190  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2537  two-component hybrid sensor and regulator  44.95 
 
 
225 aa  189  1e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.61 
 
 
666 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  38.74 
 
 
382 aa  185  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.66 
 
 
500 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
745 aa  180  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.93 
 
 
963 aa  179  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 
515 aa  177  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 
510 aa  177  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
503 aa  176  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.62 
 
 
515 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1269  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
839 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.834147 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
616 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 
662 aa  175  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
494 aa  175  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  36.31 
 
 
512 aa  174  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 
538 aa  174  5e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 
513 aa  173  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.93 
 
 
510 aa  173  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 
680 aa  173  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 
471 aa  172  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  41.2 
 
 
358 aa  172  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.17 
 
 
524 aa  172  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
508 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.12 
 
 
379 aa  171  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.25 
 
 
351 aa  170  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
519 aa  169  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
845 aa  169  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  40 
 
 
356 aa  168  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
511 aa  168  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
978 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 
512 aa  169  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  37.55 
 
 
1710 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 
501 aa  167  8e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 
630 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0037  sensor histidine kinase  39.15 
 
 
337 aa  166  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  39.02 
 
 
1744 aa  165  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
398 aa  164  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.26 
 
 
495 aa  163  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3388  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.84 
 
 
648 aa  162  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
501 aa  161  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
526 aa  160  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 
527 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
513 aa  159  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 
624 aa  159  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  40.42 
 
 
1685 aa  158  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 
658 aa  158  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
457 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  35.59 
 
 
1748 aa  157  8e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 
553 aa  156  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 
902 aa  156  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  40 
 
 
1685 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  40.66 
 
 
635 aa  154  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
799 aa  151  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1863  sensory box histidine kinase  31.71 
 
 
846 aa  150  8e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.855198  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1540  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 
841 aa  150  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.21204 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1517  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
632 aa  150  9e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3088  sensory box histidine kinase  31.71 
 
 
885 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90887  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2747  sensory box histidine kinase  31.71 
 
 
879 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1504  sensory box histidine kinase  31.71 
 
 
835 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2669  sensory box histidine kinase  31.71 
 
 
835 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2231  sensory box histidine kinase  31.71 
 
 
885 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>