More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5501 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  100 
 
 
356 aa  721    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  52.49 
 
 
357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  50.15 
 
 
355 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  50.62 
 
 
382 aa  314  9.999999999999999e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  49.85 
 
 
355 aa  308  9e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  49.24 
 
 
358 aa  301  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.7 
 
 
351 aa  300  3e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  46.9 
 
 
356 aa  296  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0037  sensor histidine kinase  46.55 
 
 
337 aa  293  4e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  48.57 
 
 
1845 aa  229  7e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  39.13 
 
 
406 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.59 
 
 
713 aa  219  6e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  42.8 
 
 
640 aa  215  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  47.66 
 
 
1822 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  46.15 
 
 
1837 aa  202  9e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.04 
 
 
739 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  44.26 
 
 
657 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.93 
 
 
733 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  42.92 
 
 
1697 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  41.81 
 
 
1833 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.26 
 
 
427 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.72 
 
 
729 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.94 
 
 
875 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  42.15 
 
 
484 aa  193  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.19 
 
 
1000 aa  193  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  43.78 
 
 
1836 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
975 aa  192  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5710  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  44.96 
 
 
515 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.107455 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  41.42 
 
 
1712 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.92 
 
 
803 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.53 
 
 
851 aa  190  4e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2537  two-component hybrid sensor and regulator  42.99 
 
 
225 aa  189  5e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
632 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
632 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.76 
 
 
632 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.56 
 
 
666 aa  189  8e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.63 
 
 
886 aa  189  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.33 
 
 
471 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1947  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.96 
 
 
796 aa  182  6e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.04 
 
 
902 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.57 
 
 
636 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.34 
 
 
495 aa  181  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.67 
 
 
515 aa  174  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.75 
 
 
779 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.82 
 
 
845 aa  168  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  38.68 
 
 
1744 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.84 
 
 
759 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.67 
 
 
538 aa  167  2.9999999999999998e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.56 
 
 
1211 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  36.63 
 
 
1710 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  42.5 
 
 
1685 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  40.25 
 
 
1748 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1205  histidine kinase  41.7 
 
 
548 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 
773 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 
510 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  42.08 
 
 
1685 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3107  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 
799 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.765319  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.1 
 
 
963 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.5 
 
 
503 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.39 
 
 
510 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
494 aa  160  3e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.85 
 
 
1211 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
978 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 
624 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1269  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.83 
 
 
839 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.834147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 
508 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.34 
 
 
379 aa  157  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.419009  hitchhiker  0.00181161 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 
680 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 
501 aa  155  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
500 aa  155  9e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  38.52 
 
 
511 aa  155  1e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
513 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
748 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 
553 aa  152  8.999999999999999e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 
692 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.27 
 
 
635 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 
513 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.3 
 
 
515 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.56 
 
 
471 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  35.93 
 
 
512 aa  150  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1718  PAS sensor protein  35.74 
 
 
811 aa  150  4e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.604616  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
534 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.55 
 
 
501 aa  150  5e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.75 
 
 
902 aa  149  8e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.17 
 
 
416 aa  149  9e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.465456  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1620  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 
842 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.252508  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.11 
 
 
630 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09680  putative two-component sensor  38.24 
 
 
758 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280017  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0902  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.82 
 
 
763 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.65 
 
 
857 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.897717  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.03 
 
 
457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
512 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
652 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2995  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 
662 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1948  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 
858 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.355681  normal  0.0222076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
461 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  34.58 
 
 
1682 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  34.3 
 
 
1682 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  34.3 
 
 
1685 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>