More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5309 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  38.68 
 
 
1710 aa  1004    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  36.32 
 
 
1682 aa  938    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  31.04 
 
 
1712 aa  709    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  32.06 
 
 
1697 aa  716    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  32.51 
 
 
1668 aa  647    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  100 
 
 
1744 aa  3466    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  36.42 
 
 
1682 aa  942    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  36.46 
 
 
1685 aa  968    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  33.06 
 
 
1685 aa  632  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  32.9 
 
 
1685 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  31.68 
 
 
1809 aa  623  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1234  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  31.57 
 
 
1663 aa  616  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745042  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  31.92 
 
 
1837 aa  605  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.78 
 
 
1845 aa  590  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.85 
 
 
1780 aa  581  1e-164  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  31.67 
 
 
1822 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  31.39 
 
 
1836 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  32.26 
 
 
1748 aa  560  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.87 
 
 
1795 aa  553  1e-155  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.65 
 
 
1808 aa  539  1e-151  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  29.64 
 
 
1833 aa  540  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  27.6 
 
 
2051 aa  514  1e-144  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  24.03 
 
 
1850 aa  506  1e-141  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3535  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.06 
 
 
1804 aa  499  1e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.655347 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2181  ATP-binding region ATPase domain protein  29.71 
 
 
1922 aa  500  1e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.116239 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2857  adenylate/guanylate cyclase  25.74 
 
 
1805 aa  498  1e-139  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.09 
 
 
1805 aa  494  9.999999999999999e-139  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.3 
 
 
1797 aa  488  1e-136  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3968  serine/threonine protein kinase  27.53 
 
 
1908 aa  488  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.221286 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  23.95 
 
 
1901 aa  486  1e-135  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3863  serine/threonine protein kinase  25 
 
 
1932 aa  481  1e-134  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.16281 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.73 
 
 
1794 aa  479  1e-133  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  27.53 
 
 
2361 aa  475  1e-132  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5741  serine/threonine protein kinase  24.38 
 
 
1914 aa  466  1e-129  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4622  multi-sensor signal transduction multi-kinase  28.1 
 
 
1780 aa  456  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701325  normal  0.952257 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2556  ATP-binding region, ATPase-like  24.49 
 
 
1811 aa  453  1e-125  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  24.1 
 
 
1774 aa  451  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2845  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF and PAS/PAC sensor  26.06 
 
 
1934 aa  438  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.218586  normal  0.818872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0854  ATP-binding region ATPase domain protein  27.27 
 
 
1871 aa  438  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  27.37 
 
 
2272 aa  431  1e-119  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  25.3 
 
 
2279 aa  416  1e-114  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  26.24 
 
 
2303 aa  413  1e-113  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3596  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.54 
 
 
2017 aa  410  1.0000000000000001e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  23.27 
 
 
2077 aa  398  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  27.21 
 
 
1644 aa  395  1e-108  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0030  ATPase domain-containing protein  26.44 
 
 
1739 aa  380  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6696  multi-sensor signal transduction multi-kinase  26.69 
 
 
1885 aa  360  9e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3410  PAS sensor protein  28.86 
 
 
1788 aa  348  5e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 
1942 aa  341  7e-92  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2277  multi-sensor signal transduction multi-kinase  25.85 
 
 
1797 aa  341  9e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.947046 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4054  ATPase domain-containing protein  29.05 
 
 
1756 aa  315  4.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.892687 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  30.67 
 
 
2109 aa  303  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  29.82 
 
 
1637 aa  297  1e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6208  ATP-binding region ATPase domain protein  30.11 
 
 
1885 aa  266  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  28.07 
 
 
1636 aa  261  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.76 
 
 
427 aa  260  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2107  serine/threonine protein kinase  28.45 
 
 
670 aa  253  2e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  27.01 
 
 
1643 aa  250  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23 
 
 
1123 aa  244  1e-62  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1945  multi-sensor signal transduction multi-kinase  25.85 
 
 
1832 aa  218  5.9999999999999996e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0187004 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  35.88 
 
 
1629 aa  218  8e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4550  serine/threonine protein kinase  34.83 
 
 
1649 aa  217  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.773527  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
470 aa  206  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 
470 aa  205  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.152454  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.91 
 
 
632 aa  204  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.91 
 
 
632 aa  204  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.91 
 
 
632 aa  204  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  34.48 
 
 
1726 aa  201  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  39.21 
 
 
640 aa  200  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  42.5 
 
 
484 aa  199  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.27 
 
 
729 aa  197  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 
779 aa  191  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.58 
 
 
733 aa  189  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.19 
 
 
666 aa  189  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.5 
 
 
975 aa  180  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 
501 aa  175  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 
636 aa  175  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 
773 aa  175  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 
748 aa  173  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  39.57 
 
 
635 aa  172  6e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.64 
 
 
963 aa  170  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3388  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.42 
 
 
648 aa  171  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  38.49 
 
 
553 aa  169  5.9999999999999996e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  38.68 
 
 
356 aa  167  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 
739 aa  167  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  38.06 
 
 
357 aa  167  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2353  adenylate/guanylate cyclase  25.47 
 
 
1473 aa  167  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.525231 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
658 aa  167  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011700  PHATRDRAFT_50614  predicted protein  21.78 
 
 
1123 aa  167  2.0000000000000002e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.18 
 
 
1211 aa  166  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 
803 aa  165  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
657 aa  165  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 
471 aa  165  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48535  predicted protein  22.41 
 
 
1112 aa  165  8.000000000000001e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.12643  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.38 
 
 
495 aa  165  9e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.78 
 
 
759 aa  164  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.13 
 
 
538 aa  164  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2361  adenylate/guanylate cyclase  25.29 
 
 
1473 aa  164  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.87 
 
 
851 aa  164  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
845 aa  163  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>