More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5242 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  100 
 
 
1682 aa  3417    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  76.72 
 
 
1685 aa  2616    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  36.35 
 
 
1744 aa  920    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  96.91 
 
 
1682 aa  3310    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  34.58 
 
 
1710 aa  820    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  29.34 
 
 
1697 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  29.3 
 
 
1712 aa  616  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7756  PAS sensor protein  29.61 
 
 
1809 aa  551  1e-155  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.12 
 
 
1748 aa  542  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  29.86 
 
 
1685 aa  525  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1234  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  27.22 
 
 
1663 aa  525  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745042  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  30.12 
 
 
1845 aa  522  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  27.2 
 
 
1668 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  29.88 
 
 
1685 aa  523  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  30.4 
 
 
1837 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  29.72 
 
 
1822 aa  515  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  29.69 
 
 
1833 aa  512  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  29.63 
 
 
1836 aa  501  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.16 
 
 
1780 aa  488  1e-136  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.78 
 
 
1808 aa  460  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.58 
 
 
1795 aa  456  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  25.47 
 
 
2051 aa  455  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3535  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.99 
 
 
1804 aa  445  1e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.655347 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2181  ATP-binding region ATPase domain protein  28.31 
 
 
1922 aa  438  1e-121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.116239 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.68 
 
 
1794 aa  438  1e-121  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5741  serine/threonine protein kinase  25.48 
 
 
1914 aa  433  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.03 
 
 
1797 aa  431  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3968  serine/threonine protein kinase  27.01 
 
 
1908 aa  429  1e-118  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.221286 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2857  adenylate/guanylate cyclase  25.16 
 
 
1805 aa  427  1e-117  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2556  ATP-binding region, ATPase-like  24.02 
 
 
1811 aa  422  1e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3863  serine/threonine protein kinase  25 
 
 
1932 aa  414  1e-113  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.16281 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  22.82 
 
 
1901 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  24.06 
 
 
1774 aa  405  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0117  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF and PAS/PAC sensor  26.42 
 
 
2361 aa  399  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4622  multi-sensor signal transduction multi-kinase  26.92 
 
 
1780 aa  384  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701325  normal  0.952257 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  26.33 
 
 
2272 aa  372  1e-101  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2738  putative PAS/PAC sensor protein  24.74 
 
 
2077 aa  368  1e-100  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6208  ATP-binding region ATPase domain protein  26.03 
 
 
1885 aa  368  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1629  hypothetical protein  25.76 
 
 
2279 aa  367  1e-99  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00385433 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.95 
 
 
1942 aa  365  5.0000000000000005e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2845  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF and PAS/PAC sensor  24.82 
 
 
1934 aa  353  1e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.218586  normal  0.818872 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1160  hypothetical protein  25.54 
 
 
2303 aa  335  5e-90  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3596  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.19 
 
 
2017 aa  324  8e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6696  multi-sensor signal transduction multi-kinase  25.36 
 
 
1885 aa  315  3.9999999999999997e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3410  PAS sensor protein  27.7 
 
 
1788 aa  299  3e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2277  multi-sensor signal transduction multi-kinase  25 
 
 
1797 aa  291  6e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.947046 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  24.35 
 
 
1644 aa  290  2e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.96 
 
 
1805 aa  281  6e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  26.66 
 
 
1637 aa  262  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  28.77 
 
 
2109 aa  258  5e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  24.66 
 
 
1850 aa  258  5e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  26.34 
 
 
1629 aa  256  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4054  ATPase domain-containing protein  25.51 
 
 
1756 aa  251  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.892687 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  25.59 
 
 
1643 aa  246  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0030  ATPase domain-containing protein  26.72 
 
 
1739 aa  232  4e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  25.59 
 
 
1636 aa  230  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.57 
 
 
1123 aa  228  6e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 
427 aa  225  6e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2107  serine/threonine protein kinase  24.47 
 
 
670 aa  217  9.999999999999999e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.568575 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0854  ATP-binding region ATPase domain protein  25.18 
 
 
1871 aa  203  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48535  predicted protein  23.06 
 
 
1112 aa  180  2e-43  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.12643  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
470 aa  180  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4550  serine/threonine protein kinase  29.41 
 
 
1649 aa  177  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.773527  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 
640 aa  177  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
470 aa  176  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.152454  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.65 
 
 
729 aa  162  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
636 aa  161  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.06 
 
 
963 aa  158  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  35.9 
 
 
406 aa  155  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
484 aa  155  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
733 aa  155  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 
779 aa  155  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 
495 aa  154  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
1000 aa  154  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.08 
 
 
494 aa  154  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
773 aa  153  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 
902 aa  152  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 
1211 aa  152  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  37.85 
 
 
553 aa  151  9e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 
498 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1945  multi-sensor signal transduction multi-kinase  23.89 
 
 
1832 aa  150  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0187004 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
632 aa  150  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
632 aa  150  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
632 aa  150  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  37.92 
 
 
635 aa  150  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 
748 aa  149  7.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1598  two-component transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.5 
 
 
857 aa  148  9e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.701828  normal  0.909939 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
845 aa  147  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
875 aa  147  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49028  predicted protein  23.33 
 
 
1064 aa  146  3e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 
902 aa  144  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0583373  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
803 aa  144  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  29.97 
 
 
1726 aa  144  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.2 
 
 
975 aa  144  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  34.3 
 
 
356 aa  143  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 
538 aa  144  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0037  sensor histidine kinase  35.54 
 
 
337 aa  144  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  36.89 
 
 
356 aa  142  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1195  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
870 aa  142  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.98844  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.54 
 
 
796 aa  142  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>