More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0214 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  77.14 
 
 
1712 aa  655    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  82.58 
 
 
1697 aa  694    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
427 aa  855    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  38.24 
 
 
1685 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  37.84 
 
 
1710 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  38.76 
 
 
1744 aa  259  4e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  38.63 
 
 
1685 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  38.53 
 
 
1748 aa  249  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  33.97 
 
 
1682 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  33.73 
 
 
1682 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  48.09 
 
 
1822 aa  223  8e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
739 aa  217  2.9999999999999998e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.86 
 
 
779 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.36 
 
 
773 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  32.3 
 
 
1685 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  30.74 
 
 
1850 aa  206  7e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  41.08 
 
 
406 aa  206  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.28 
 
 
636 aa  203  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 
494 aa  203  4e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
632 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
632 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.16 
 
 
632 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.35 
 
 
733 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  42.98 
 
 
657 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  42.26 
 
 
356 aa  196  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  42 
 
 
1845 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  30.16 
 
 
1901 aa  195  2e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  41.39 
 
 
640 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5710  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  44.54 
 
 
515 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.107455 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
875 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  41.25 
 
 
1833 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.28 
 
 
803 aa  192  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.46 
 
 
975 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  30.25 
 
 
1780 aa  191  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  43.1 
 
 
1837 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.8 
 
 
713 aa  190  4e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
886 aa  190  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
729 aa  188  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
1123 aa  187  3e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2355  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.81 
 
 
902 aa  181  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.415333  normal  0.408426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  40.08 
 
 
484 aa  179  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
1000 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.84 
 
 
666 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.92 
 
 
851 aa  178  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  36.12 
 
 
355 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3535  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  29.32 
 
 
1804 aa  176  5e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.655347 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  33.92 
 
 
357 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.51 
 
 
963 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  29.32 
 
 
1808 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.6 
 
 
796 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
538 aa  172  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.49 
 
 
471 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  27.66 
 
 
1774 aa  171  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5190  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 
1211 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.8862  normal  0.202649 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 
351 aa  170  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 
978 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149383  normal  0.186346 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2537  two-component hybrid sensor and regulator  39.09 
 
 
225 aa  169  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
355 aa  167  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.91 
 
 
759 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2556  ATP-binding region, ATPase-like  27.5 
 
 
1811 aa  164  2.0000000000000002e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
495 aa  164  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  32.4 
 
 
358 aa  164  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  34.56 
 
 
1836 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 
470 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.442786  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2789  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.63 
 
 
503 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.237879  normal  0.0648346 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  29.94 
 
 
2051 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  27.93 
 
 
1795 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
470 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.152454  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  35.95 
 
 
356 aa  159  8e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  34.47 
 
 
382 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.67 
 
 
748 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0854  ATP-binding region ATPase domain protein  28.21 
 
 
1871 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 
510 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0037  sensor histidine kinase  35.12 
 
 
337 aa  157  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 
515 aa  155  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
1211 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.125854  normal  0.0422439 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
513 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  46.11 
 
 
1668 aa  153  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1947  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
369 aa  153  5.9999999999999996e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.62 
 
 
500 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 
510 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  27.9 
 
 
1805 aa  152  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
845 aa  151  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.67 
 
 
494 aa  151  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.71 
 
 
508 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  26.49 
 
 
1794 aa  150  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4635  histidine kinase  35.92 
 
 
440 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.94647  normal  0.951565 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1234  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  46.11 
 
 
1663 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745042  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
501 aa  147  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.32 
 
 
658 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.93 
 
 
1797 aa  147  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
635 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
501 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 
511 aa  144  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
457 aa  144  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0515  histidine kinase  39.09 
 
 
299 aa  142  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.80747 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4622  multi-sensor signal transduction multi-kinase  26.65 
 
 
1780 aa  142  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701325  normal  0.952257 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
527 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
526 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5184  histidine kinase  36.18 
 
 
435 aa  140  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>