More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0515 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0515  histidine kinase  100 
 
 
299 aa  594  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.80747 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3795  histidine kinase  46.82 
 
 
610 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0884  histidine kinase  41.32 
 
 
635 aa  201  9e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5634  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.15 
 
 
624 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.469623 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6679  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 
658 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0942  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.48 
 
 
845 aa  176  6e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5089  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.86 
 
 
632 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.997163  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3180  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.86 
 
 
632 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0860119  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5187  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.86 
 
 
632 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0102074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  39.57 
 
 
1710 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2886  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.78 
 
 
640 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6903  histidine kinase  38.11 
 
 
631 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5692  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.1 
 
 
733 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.358627 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1557  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 
773 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.468664  hitchhiker  0.00480077 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0581  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.13 
 
 
748 aa  155  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.401859  normal  0.981088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  39.73 
 
 
1712 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1464  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.04 
 
 
745 aa  152  8e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5309  sensor histidine kinase  36.91 
 
 
1744 aa  150  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0910571 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2347  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.41 
 
 
471 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.265676  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1700  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
553 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.012241  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.45 
 
 
501 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5550  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
803 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0835247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1205  histidine kinase  36.29 
 
 
548 aa  147  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3813  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.98 
 
 
963 aa  146  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000539796  normal  0.0501343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3388  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.89 
 
 
648 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  37.96 
 
 
1697 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3152  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.7 
 
 
473 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285761  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1552  histidine kinase  39.91 
 
 
382 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  38.26 
 
 
1837 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 
636 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0041  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
356 aa  143  4e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.708956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0214  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.37 
 
 
427 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.328681  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
666 aa  142  5e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5501  two component sensor kinase  35.96 
 
 
356 aa  142  7e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.927814  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  39.25 
 
 
1822 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3869  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.36 
 
 
616 aa  141  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5744  multi-sensor signal transduction multi-kinase  34.47 
 
 
1845 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5242  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  37.61 
 
 
1682 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.59114  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7458  putative sensor histidine kinase with ATP-binding region  37.95 
 
 
406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  37.61 
 
 
1682 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2251  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37 
 
 
657 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0037  sensor histidine kinase  36.61 
 
 
337 aa  139  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2535  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.95 
 
 
472 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.816658  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.73 
 
 
851 aa  136  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1084  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.81 
 
 
495 aa  135  8e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  35.74 
 
 
1685 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1947  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 
369 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.06 
 
 
534 aa  134  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.311499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
398 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.78 
 
 
515 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5524  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
796 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536522  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 
975 aa  134  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.817585  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5743  ATPase domain-containing protein  37.55 
 
 
1685 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6856  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
1000 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0922  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
727 aa  132  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2116  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
524 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1697  histidine kinase  39.72 
 
 
317 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000828952  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 
513 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00708  nodulation protein  37.39 
 
 
358 aa  132  6.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.011676  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0843  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 
713 aa  132  6.999999999999999e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4619  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 
729 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2138  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.47 
 
 
351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2578  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 
527 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376758  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3274  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.55 
 
 
526 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2370  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
672 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0644  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.33 
 
 
487 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  35.48 
 
 
1833 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6496  ATPase domain-containing protein  37.15 
 
 
1685 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.53789  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4627  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 
461 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.18 
 
 
739 aa  129  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.67 
 
 
514 aa  129  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2458  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
484 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1544  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 
779 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0480666  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  33.62 
 
 
1836 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3512  histidine kinase  34.63 
 
 
357 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0399  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.22 
 
 
519 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 
759 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2345  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.52 
 
 
509 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1222  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
686 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583301 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6854  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 
886 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.8 
 
 
515 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2316  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
471 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2379  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.24 
 
 
538 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  38.8 
 
 
512 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5549  sensor histidine kinase  33.62 
 
 
355 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1364  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.39 
 
 
510 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4100  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 
484 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1551  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.26 
 
 
529 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.573003  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4726  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
508 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5710  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
515 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.107455 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
500 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.814589  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 
457 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.450879  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 
501 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 
512 aa  123  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
494 aa  122  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4281  histidine kinase  34.04 
 
 
514 aa  122  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5089  sensor histidine kinase  34.09 
 
 
355 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6170  multi-sensor signal transduction multi-kinase  33.6 
 
 
1748 aa  122  8e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 
510 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2976  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.32 
 
 
692 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4081 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>