More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2970 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  100 
 
 		 557 aa  1134    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 578 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 570 aa  333  7.000000000000001e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 566 aa  239  1e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30.71 
 
 		 612 aa  211  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  28.54 
 
 		 614 aa  188  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  25.55 
 
 		 636 aa  166  8e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  28.74 
 
 		 603 aa  164  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.61 
 
 		 611 aa  163  8.000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  25.86 
 
 		 630 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 638 aa  162  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 601 aa  158  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  25.75 
 
 		 588 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  27.32 
 
 		 564 aa  155  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 561 aa  152  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  27.77 
 
 		 631 aa  151  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 565 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 564 aa  148  3e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  27.03 
 
 		 624 aa  147  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 560 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 623 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 571 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 577 aa  143  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 405 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  25.6 
 
 		 624 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 		 772 aa  142  1.9999999999999998e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 422 aa  140  4.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  27.29 
 
 		 581 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  28.47 
 
 		 673 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  24.72 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  24.56 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  25.14 
 
 		 625 aa  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 314 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 477 aa  137  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  24.32 
 
 		 641 aa  136  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 571 aa  136  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  25.55 
 
 		 622 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 492 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 387 aa  133  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  26.25 
 
 		 610 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  26.9 
 
 		 625 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.13 
 
 		 730 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 627 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 386 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  24.95 
 
 		 628 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 		 610 aa  132  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  24.11 
 
 		 569 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 611 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 492 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 372 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 389 aa  130  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 492 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 492 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 492 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 492 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 490 aa  128  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  24.58 
 
 		 628 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  24.4 
 
 		 628 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.12 
 
 		 949 aa  127  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.75 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 572 aa  127  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 435 aa  127  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 482 aa  127  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  24.58 
 
 		 621 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 368 aa  127  7e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 427 aa  127  8.000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 431 aa  126  1e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 366 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  40.22 
 
 		 946 aa  125  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 554 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 417 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  45.34 
 
 		 443 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 487 aa  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 853 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 487 aa  125  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 569 aa  124  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 288 aa  125  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 308 aa  125  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  25.89 
 
 		 618 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 516 aa  125  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 471 aa  125  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 659 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.98 
 
 		 901 aa  124  5e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 322 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 385 aa  124  5e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 339 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 388 aa  124  5e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 379 aa  124  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 417 aa  124  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  30.32 
 
 		 422 aa  124  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 355 aa  124  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 456 aa  124  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 		 464 aa  123  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 574 aa  123  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 532 aa  123  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 391 aa  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 416 aa  123  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 388 aa  123  9e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>