More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5323 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  100 
 
 		 422 aa  838    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  68.17 
 
 		 435 aa  555  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  69.37 
 
 		 405 aa  542  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 438 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3360  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.441275  normal  0.662685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  46.52 
 
 		 422 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 417 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.71 
 
 		 546 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 415 aa  152  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 538 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 415 aa  150  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.7 
 
 		 843 aa  150  5e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  46.24 
 
 		 328 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  43.3 
 
 		 344 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  50 
 
 		 479 aa  147  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 346 aa  146  9e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 591 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.14 
 
 		 960 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 465 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.43 
 
 		 565 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 732 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 732 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 338 aa  144  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.66 
 
 		 648 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 339 aa  142  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  43.39 
 
 		 390 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 462 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  45.05 
 
 		 367 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 462 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 557 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 353 aa  140  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 340 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 353 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 370 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 309 aa  139  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.94 
 
 		 734 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  48.02 
 
 		 310 aa  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 319 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  44.62 
 
 		 1637 aa  138  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  44.32 
 
 		 548 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 547 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 375 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 620 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.86 
 
 		 536 aa  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.54 
 
 		 1262 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 553 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 420 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 343 aa  136  8e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 308 aa  136  8e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 308 aa  136  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.71 
 
 		 352 aa  136  8e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0265  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 310 aa  136  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.021653  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  38.65 
 
 		 588 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 453 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 344 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  35.99 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 498 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 578 aa  134  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 313 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.27 
 
 		 665 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 660 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 660 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.26 
 
 		 463 aa  133  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  44.04 
 
 		 1643 aa  133  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.19 
 
 		 314 aa  133  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 479 aa  133  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  45.41 
 
 		 497 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 516 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 341 aa  132  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 481 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 496 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.09 
 
 		 665 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  39.23 
 
 		 579 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  46.82 
 
 		 496 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 481 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 534 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  34.21 
 
 		 1034 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1004  GGDEF domain protein  28.78 
 
 		 413 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.368177  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.53 
 
 		 661 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.947946 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1597  GGDEF family protein  27.95 
 
 		 674 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0570489  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 496 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 631 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 469 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 670 aa  130  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 630 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  37.13 
 
 		 641 aa  130  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.38 
 
 		 632 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 501 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 578 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  44.27 
 
 		 502 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>