More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2703 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  100 
 
 		 339 aa  691    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  66.37 
 
 		 359 aa  474  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 340 aa  334  2e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 346 aa  186  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 332 aa  175  8e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 366 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 360 aa  172  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 368 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 346 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  32.1 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  33.82 
 
 		 337 aa  156  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 362 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 464 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 564 aa  142  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 363 aa  142  8e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 357 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 532 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  42.13 
 
 		 195 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  40 
 
 		 513 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  42.42 
 
 		 529 aa  137  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 566 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 640 aa  135  9.999999999999999e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  46.11 
 
 		 570 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  46.11 
 
 		 570 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  46.11 
 
 		 570 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  46.11 
 
 		 570 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  46.11 
 
 		 570 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  40.85 
 
 		 533 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 491 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  39.05 
 
 		 523 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40 
 
 		 736 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  31.68 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.4 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  31.68 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 386 aa  133  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 467 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  40.96 
 
 		 448 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 339 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  31.68 
 
 		 351 aa  132  9e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 661 aa  132  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.7 
 
 		 455 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 243 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  31.3 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.55 
 
 		 457 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 492 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 578 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  31.3 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  33.09 
 
 		 381 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 490 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 492 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 564 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.52 
 
 		 550 aa  130  3e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 558 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  36.84 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 564 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 476 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  41.67 
 
 		 564 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 476 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 452 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 384 aa  130  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.11 
 
 		 686 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 492 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.55 
 
 		 364 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 466 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 466 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  42.6 
 
 		 489 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 501 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.02 
 
 		 353 aa  129  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  33.09 
 
 		 389 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  29.17 
 
 		 370 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 396 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 603 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.69 
 
 		 585 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 574 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  41.57 
 
 		 296 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 259 aa  129  9.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 454 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 407 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  45.34 
 
 		 413 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 485 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 454 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  38.01 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1077  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  41.18 
 
 		 558 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734609  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 492 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 466 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 404 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 562 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>