More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3227 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  100 
 
 		 359 aa  730    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  66.37 
 
 		 339 aa  474  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  48.67 
 
 		 340 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 360 aa  186  5e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 332 aa  180  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 368 aa  167  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 346 aa  162  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  35.21 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 464 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 357 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 513 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 653 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 363 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  40 
 
 		 357 aa  136  7.000000000000001e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 		 415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.27 
 
 		 563 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.76 
 
 		 736 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 758 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 491 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  43.29 
 
 		 529 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 490 aa  133  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 532 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.24 
 
 		 585 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 490 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.19 
 
 		 570 aa  132  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.39 
 
 		 370 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 259 aa  132  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  38.81 
 
 		 462 aa  132  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 404 aa  132  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 532 aa  132  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.64 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 564 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.68 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  41.67 
 
 		 448 aa  131  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  40 
 
 		 503 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.27 
 
 		 1037 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  45.24 
 
 		 609 aa  130  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 661 aa  130  3e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.83 
 
 		 860 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 405 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  45.24 
 
 		 709 aa  130  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  40.45 
 
 		 506 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 640 aa  129  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.6 
 
 		 800 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3856  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  40 
 
 		 1216 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.98 
 
 		 617 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.62 
 
 		 461 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 377 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 1339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 577 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 615 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  42.77 
 
 		 476 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  40.34 
 
 		 1477 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  41.76 
 
 		 411 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.78 
 
 		 1073 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1204  GGDEF family protein  42.53 
 
 		 195 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040239  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  31.02 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.24 
 
 		 962 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.33 
 
 		 353 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  31.02 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  31.02 
 
 		 351 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.16 
 
 		 550 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  40.45 
 
 		 506 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2237  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.79 
 
 		 556 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  38.14 
 
 		 488 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  31.02 
 
 		 351 aa  126  5e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0516  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.82 
 
 		 980 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.579103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 532 aa  126  6e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 492 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.52 
 
 		 743 aa  126  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_003296  RS04801  hypothetical protein  37.67 
 
 		 505 aa  126  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  31.02 
 
 		 351 aa  126  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 		 686 aa  126  7e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 492 aa  126  7e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 386 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  40.59 
 
 		 533 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  37.93 
 
 		 628 aa  125  8.000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 489 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3052  GGDEF  36.57 
 
 		 523 aa  125  9e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.927179  normal  0.0159246 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 489 aa  125  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  40.24 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 499 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 484 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 499 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>