More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3693 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 476 aa  957    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  29.29 
 
 		 496 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 487 aa  153  8e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  42.05 
 
 		 422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 464 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  28.78 
 
 		 559 aa  139  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 630 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 360 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  45.91 
 
 		 364 aa  138  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 611 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 460 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 469 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 532 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  41.28 
 
 		 411 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.91 
 
 		 320 aa  134  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  37.56 
 
 		 460 aa  132  1.0000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  44.19 
 
 		 458 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 489 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  36.74 
 
 		 402 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 532 aa  131  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  46.84 
 
 		 458 aa  131  3e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 467 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 545 aa  130  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 821 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 373 aa  130  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 405 aa  129  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 411 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 480 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.46 
 
 		 548 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 467 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 564 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 632 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 536 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 489 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  43.43 
 
 		 628 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 467 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 583 aa  129  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.93 
 
 		 493 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 469 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  27.31 
 
 		 467 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 359 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 410 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  33.44 
 
 		 353 aa  127  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  42.6 
 
 		 366 aa  126  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 278 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  44.44 
 
 		 457 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  40.83 
 
 		 462 aa  126  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 466 aa  126  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 489 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  36.49 
 
 		 644 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 390 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 		 531 aa  126  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 426 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  38.67 
 
 		 420 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 772 aa  126  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 634 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 220 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 493 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 317 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 172 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 317 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 532 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  37.11 
 
 		 347 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 753 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 653 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 574 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 564 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  40 
 
 		 252 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 454 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.82 
 
 		 346 aa  124  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 382 aa  124  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 466 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 526 aa  124  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 620 aa  124  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 466 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 370 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 339 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1997  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 366 aa  124  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 398 aa  123  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 495 aa  123  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 354 aa  123  6e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  43.48 
 
 		 320 aa  123  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>