More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3108 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  100 
 
 		 411 aa  826    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  73.4 
 
 		 411 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  75.63 
 
 		 411 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  73.4 
 
 		 410 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  63.12 
 
 		 409 aa  496  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  35.71 
 
 		 415 aa  154  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 405 aa  154  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 384 aa  153  5e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 384 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 403 aa  152  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  31 
 
 		 405 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 392 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 383 aa  147  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 492 aa  144  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  29.26 
 
 		 413 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 436 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 380 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 392 aa  139  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 384 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.08 
 
 		 313 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 316 aa  137  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40.19 
 
 		 381 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  31.2 
 
 		 413 aa  136  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  50 
 
 		 470 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  40 
 
 		 381 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.08 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.08 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 314 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  43.23 
 
 		 311 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 280 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 405 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 324 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 382 aa  133  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 312 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 559 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.09 
 
 		 563 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 		 438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  42.78 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.25 
 
 		 1000 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 409 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.71 
 
 		 425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 464 aa  130  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 532 aa  130  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 582 aa  129  7.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  41.28 
 
 		 476 aa  129  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 231 aa  129  8.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 312 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 317 aa  129  9.000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 650 aa  129  9.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.5 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 403 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 361 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  43.75 
 
 		 568 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 587 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.34 
 
 		 319 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  44 
 
 		 533 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  41.14 
 
 		 722 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 493 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.62 
 
 		 525 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 220 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 732 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.94 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 490 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 422 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 396 aa  127  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  41.51 
 
 		 1073 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.99 
 
 		 320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 377 aa  127  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 349 aa  127  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  41 
 
 		 525 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 1004 aa  127  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 569 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.67 
 
 		 698 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 368 aa  126  6e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 680 aa  126  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 377 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 472 aa  126  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  40.54 
 
 		 684 aa  126  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  42.86 
 
 		 531 aa  126  7e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 307 aa  126  7e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 440 aa  126  7e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 278 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  42.19 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>