More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_2441 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  82.63 
 
 		 405 aa  635    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  100 
 
 		 403 aa  788    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  83.62 
 
 		 405 aa  640    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  56.46 
 
 		 384 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  54.91 
 
 		 384 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  54.67 
 
 		 384 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  50.67 
 
 		 383 aa  300  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  39.06 
 
 		 415 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  31.83 
 
 		 413 aa  182  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 411 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  33.85 
 
 		 411 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 409 aa  163  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 411 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 385 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 440 aa  156  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 393 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 399 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 410 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  30.31 
 
 		 531 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 373 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  32.04 
 
 		 419 aa  144  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 384 aa  143  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 427 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 395 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  27.89 
 
 		 385 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  27.72 
 
 		 385 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  26.83 
 
 		 407 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  27.63 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 387 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 401 aa  134  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.33 
 
 		 420 aa  133  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 370 aa  133  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 432 aa  133  6e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  28.87 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 397 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 576 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.97 
 
 		 463 aa  126  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 467 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  26.55 
 
 		 402 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 363 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 400 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.78 
 
 		 1000 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 417 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 295 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 631 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 436 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 464 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 391 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 405 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.34 
 
 		 485 aa  119  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 317 aa  119  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 555 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 1037 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  40 
 
 		 466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.11 
 
 		 464 aa  119  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 389 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 1774 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  40 
 
 		 466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  40 
 
 		 466 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 325 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 336 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 454 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 454 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 378 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 466 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 363 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.09 
 
 		 474 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  36.89 
 
 		 525 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 516 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 417 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 495 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 380 aa  116  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 396 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 632 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 381 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  42.16 
 
 		 410 aa  116  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  42.16 
 
 		 410 aa  116  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.53 
 
 		 525 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 628 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 466 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>