More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1910 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  100 
 
 		 413 aa  841    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 405 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 405 aa  196  9e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 403 aa  178  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 384 aa  176  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 384 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 384 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 440 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 383 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  31.2 
 
 		 411 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  31 
 
 		 415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40 
 
 		 492 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  27.83 
 
 		 413 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 409 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 469 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.84 
 
 		 402 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.98 
 
 		 827 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  39.11 
 
 		 448 aa  120  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 397 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  26.3 
 
 		 385 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  28.12 
 
 		 420 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  30 
 
 		 384 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  28.7 
 
 		 411 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 1037 aa  117  3.9999999999999997e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 482 aa  116  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 375 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 317 aa  116  6.9999999999999995e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 395 aa  116  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 		 464 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 469 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 363 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 425 aa  114  3e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 411 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 386 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 373 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 623 aa  113  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 426 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.03 
 
 		 525 aa  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 500 aa  112  8.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  28.91 
 
 		 410 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 390 aa  112  9e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 386 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 496 aa  112  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 437 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 395 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 576 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  34.09 
 
 		 347 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 381 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 513 aa  112  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  28.23 
 
 		 385 aa  111  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  24.24 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 392 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 383 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 409 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 417 aa  110  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  33.82 
 
 		 569 aa  110  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 569 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 459 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 312 aa  109  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 377 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 413 aa  109  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 432 aa  109  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.51 
 
 		 525 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 334 aa  109  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  32.92 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 261 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  37.89 
 
 		 422 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.89 
 
 		 624 aa  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  39.11 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  38.82 
 
 		 568 aa  108  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37 
 
 		 710 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 495 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 307 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 363 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 417 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 635 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 570 aa  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.86 
 
 		 565 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 622 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 612 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  34.15 
 
 		 451 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 391 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 391 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  37.64 
 
 		 375 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 764 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 764 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.2 
 
 		 407 aa  106  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 696 aa  106  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>