More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2060 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  99.42 
 
 		 347 aa  672    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  100 
 
 		 359 aa  698    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2328  diguanylate cyclase  76.01 
 
 		 347 aa  482  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 532 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 532 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  29.66 
 
 		 363 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.02 
 
 		 827 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  36 
 
 		 536 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  36.6 
 
 		 476 aa  122  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 375 aa  122  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 578 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  46.67 
 
 		 448 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  45.51 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.52 
 
 		 550 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 372 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 426 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 630 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  43.35 
 
 		 673 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 544 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 527 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  44.31 
 
 		 629 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  44.87 
 
 		 375 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.1 
 
 		 466 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 476 aa  119  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 476 aa  119  9e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  41.31 
 
 		 251 aa  119  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 452 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 452 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  37.74 
 
 		 476 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  27.13 
 
 		 368 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 403 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  42.92 
 
 		 506 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 519 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  37.74 
 
 		 452 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 452 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  45.91 
 
 		 908 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 425 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  43.16 
 
 		 673 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 631 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 464 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.31 
 
 		 710 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 554 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 555 aa  117  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  42.16 
 
 		 533 aa  116  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  35.1 
 
 		 422 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 557 aa  117  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.38 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4451  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 368 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  47.47 
 
 		 646 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  41.59 
 
 		 516 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 356 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 		 550 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 506 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 627 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.45 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 523 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.83 
 
 		 545 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.68 
 
 		 494 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 472 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 634 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  45.37 
 
 		 508 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 373 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2067  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.66 
 
 		 705 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  37.95 
 
 		 818 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 681 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 409 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 387 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  37 
 
 		 460 aa  114  3e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 454 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  38.89 
 
 		 458 aa  114  3e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  43.64 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 408 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 454 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.8 
 
 		 663 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 		 563 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 355 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  33.5 
 
 		 564 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 324 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 532 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.88 
 
 		 413 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 422 aa  113  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  45.27 
 
 		 474 aa  113  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 587 aa  113  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>