More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3391 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  100 
 
 		 360 aa  713    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  55.56 
 
 		 464 aa  172  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 339 aa  172  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 362 aa  166  4e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 368 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 357 aa  149  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 550 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 364 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  31.36 
 
 		 366 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 370 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  42.25 
 
 		 411 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 387 aa  145  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 436 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  35.27 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 611 aa  144  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.11 
 
 		 334 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  44.67 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  40 
 
 		 477 aa  144  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 346 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  29.19 
 
 		 404 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  48.28 
 
 		 425 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 372 aa  143  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 345 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 354 aa  143  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 531 aa  143  6e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 623 aa  142  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 513 aa  142  8e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.44 
 
 		 320 aa  142  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 365 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 532 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 409 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 470 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 485 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 485 aa  139  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 499 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 630 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 570 aa  139  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  47.9 
 
 		 461 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 486 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  44.97 
 
 		 548 aa  139  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  47.27 
 
 		 476 aa  139  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  43.86 
 
 		 451 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 843 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 438 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50060  hypothetical protein  52.98 
 
 		 398 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.014096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 569 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  46.99 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 578 aa  137  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  46.11 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 381 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 312 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.84 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 403 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 411 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  42.26 
 
 		 949 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39 
 
 		 362 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 323 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  32.94 
 
 		 266 aa  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  45.51 
 
 		 609 aa  137  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 392 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 314 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 388 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 722 aa  136  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 350 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 485 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.89 
 
 		 413 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 395 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 395 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  43.92 
 
 		 626 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 591 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.53 
 
 		 505 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 306 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 304 aa  136  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 342 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 343 aa  135  8e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 486 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 227 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 390 aa  135  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 571 aa  135  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>