More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1433 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  100 
 
 
387 aa  780    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  47.2 
 
 
680 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  48.75 
 
 
345 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.53 
 
 
611 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
317 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  50.94 
 
 
1000 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  48.12 
 
 
360 aa  145  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
317 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.47 
 
 
314 aa  143  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.06 
 
 
1078 aa  142  7e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.83 
 
 
681 aa  142  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  46.15 
 
 
261 aa  142  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
635 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  45.35 
 
 
467 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  48.15 
 
 
350 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.88 
 
 
769 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  46.2 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  32.07 
 
 
1774 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  44.69 
 
 
461 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.4 
 
 
698 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 
301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.25 
 
 
550 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.24 
 
 
308 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
464 aa  140  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.96 
 
 
321 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.32 
 
 
791 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.56 
 
 
424 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.81 
 
 
730 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  46.58 
 
 
548 aa  139  8.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 
438 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  47.77 
 
 
495 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 
531 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
294 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
646 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  40.45 
 
 
646 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 
322 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  42.51 
 
 
451 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 
444 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  43.75 
 
 
477 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  41.98 
 
 
583 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  46.95 
 
 
626 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.88 
 
 
519 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 
342 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  39.52 
 
 
650 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  42.35 
 
 
1037 aa  136  7.000000000000001e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  41.71 
 
 
408 aa  136  8e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.04 
 
 
827 aa  136  8e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.66 
 
 
457 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  49.06 
 
 
753 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.07 
 
 
455 aa  135  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  48.75 
 
 
493 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  45.98 
 
 
457 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  36.63 
 
 
340 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.94 
 
 
457 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
627 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.92 
 
 
353 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.24 
 
 
278 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  45.29 
 
 
325 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 
364 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  47.93 
 
 
354 aa  134  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  38.83 
 
 
237 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.66 
 
 
457 aa  134  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.69 
 
 
487 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.2 
 
 
309 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  47.17 
 
 
492 aa  134  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  47.53 
 
 
237 aa  134  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.38 
 
 
220 aa  133  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  49.39 
 
 
474 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
172 aa  133  5e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  45.12 
 
 
373 aa  133  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  47.83 
 
 
366 aa  133  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  41.98 
 
 
426 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 
505 aa  133  5e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
312 aa  133  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.19 
 
 
466 aa  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  46.5 
 
 
738 aa  133  6e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  42.93 
 
 
374 aa  133  6e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  40.09 
 
 
614 aa  133  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
407 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
587 aa  132  6.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  38.46 
 
 
296 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  47.2 
 
 
495 aa  132  9e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
659 aa  132  9e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  46.25 
 
 
422 aa  132  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  47.85 
 
 
493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  41.57 
 
 
424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  44.1 
 
 
722 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 
901 aa  132  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  44.38 
 
 
634 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  43.43 
 
 
796 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.78 
 
 
792 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  45.18 
 
 
696 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.09 
 
 
646 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  44.25 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.73 
 
 
492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  45.88 
 
 
628 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.25 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  48.82 
 
 
753 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
357 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  45.88 
 
 
454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>