More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3428 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  100 
 
 		 425 aa  844    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  53.46 
 
 		 448 aa  397  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7359  putative diguanylate cyclase  57.34 
 
 		 432 aa  374  1e-102  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1328  diguanylate cyclase  56.28 
 
 		 437 aa  355  1e-96  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.561523  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2553  diguanylate cyclase  52.32 
 
 		 484 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.928097  normal  0.61 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 440 aa  234  3e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1491  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 562 aa  192  1e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.430715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0117  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 443 aa  168  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 430 aa  156  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4184  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 699 aa  148  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.693929  normal  0.765931 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 611 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.35 
 
 		 550 aa  146  6e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 405 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  39.88 
 
 		 427 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 		 280 aa  144  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  42.17 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 764 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 764 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 764 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28880  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  44.72 
 
 		 409 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.46801 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 389 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 464 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7053  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  46.51 
 
 		 525 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 531 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  40.87 
 
 		 370 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 317 aa  139  8.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 732 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 495 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  39.05 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 569 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  47.02 
 
 		 381 aa  137  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  45.35 
 
 		 525 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 493 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 571 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.45 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 		 407 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 493 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 492 aa  134  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 319 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 581 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 324 aa  134  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  43.86 
 
 		 485 aa  133  5e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 310 aa  133  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.25 
 
 		 557 aa  133  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  35 
 
 		 298 aa  133  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  43.43 
 
 		 548 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 710 aa  133  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  45.78 
 
 		 385 aa  132  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 408 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 460 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  37.17 
 
 		 625 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  36.84 
 
 		 322 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 485 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 482 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  27.62 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 387 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 555 aa  130  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 316 aa  131  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 532 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.08 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 517 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 278 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 631 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 532 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 396 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.34 
 
 		 563 aa  130  6e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 323 aa  130  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  30.36 
 
 		 324 aa  130  6e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 608 aa  130  7.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  40.96 
 
 		 358 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 532 aa  129  9.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.21 
 
 		 846 aa  129  9.000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.64 
 
 		 451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  37.13 
 
 		 322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 632 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 409 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  38.19 
 
 		 392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 577 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 571 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.79 
 
 		 1000 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.76 
 
 		 320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 758 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.11 
 
 		 721 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  39.9 
 
 		 523 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 564 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 496 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>