More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1922 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  79.65 
 
 		 544 aa  849    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  82.15 
 
 		 523 aa  882    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  80.23 
 
 		 523 aa  854    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  100 
 
 		 527 aa  1068    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  49.81 
 
 		 526 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  48.94 
 
 		 526 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  49.9 
 
 		 524 aa  473  1e-132  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  44.9 
 
 		 545 aa  474  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  41.02 
 
 		 520 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  42.86 
 
 		 489 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  49.09 
 
 		 529 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 517 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  50.58 
 
 		 448 aa  420  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  44.24 
 
 		 533 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 532 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 532 aa  401  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 532 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 536 aa  372  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  38.45 
 
 		 547 aa  361  1e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 583 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 362 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 591 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 564 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.16 
 
 		 418 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  45 
 
 		 461 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  48.45 
 
 		 736 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.88 
 
 		 728 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 357 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 642 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 580 aa  134  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 753 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  37.75 
 
 		 435 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  47.47 
 
 		 580 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 571 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  44.19 
 
 		 353 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.23 
 
 		 901 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  45.51 
 
 		 457 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 487 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 659 aa  130  8.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  25.18 
 
 		 491 aa  130  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  43.55 
 
 		 425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 489 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 661 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 438 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  25.41 
 
 		 490 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.94 
 
 		 519 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 735 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 227 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 363 aa  128  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 479 aa  128  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  45.51 
 
 		 457 aa  128  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 354 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  45.51 
 
 		 455 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.51 
 
 		 772 aa  127  5e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 304 aa  127  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 308 aa  127  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 308 aa  127  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 381 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 517 aa  127  7e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 308 aa  127  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 559 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 556 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 540 aa  126  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 480 aa  126  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 531 aa  126  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  42.94 
 
 		 634 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.81 
 
 		 791 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 454 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  27 
 
 		 542 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 492 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 301 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 385 aa  125  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.3 
 
 		 594 aa  125  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 339 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  26.16 
 
 		 548 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  46.88 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 389 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 389 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 389 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 389 aa  125  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 324 aa  125  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 637 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  27.34 
 
 		 480 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 738 aa  125  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 426 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 384 aa  124  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 202 aa  124  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 631 aa  124  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 555 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  44.64 
 
 		 626 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 384 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 486 aa  124  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  28.12 
 
 		 729 aa  124  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>