More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3509 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  100 
 
 		 378 aa  767    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  100 
 
 		 384 aa  779    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  97.92 
 
 		 384 aa  738    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0645  diguanylate cyclase  57.82 
 
 		 357 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 354 aa  321  9.999999999999999e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 354 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 308 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 308 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4804  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 304 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0452209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 308 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 843 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 615 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.94 
 
 		 418 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 453 aa  129  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 530 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 		 518 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 370 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 339 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  40.21 
 
 		 688 aa  126  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 435 aa  126  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 417 aa  125  9e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  43.79 
 
 		 529 aa  125  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.52 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 581 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 417 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  37.44 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 574 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 527 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 574 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 319 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.53 
 
 		 686 aa  124  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 347 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 252 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  37.23 
 
 		 1644 aa  122  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.44 
 
 		 1262 aa  122  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 357 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 530 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  38.95 
 
 		 689 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  41.88 
 
 		 353 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 569 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2762  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  40 
 
 		 631 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.71 
 
 		 355 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.5 
 
 		 1212 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 494 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 640 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1647  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 307 aa  121  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 641 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  38.38 
 
 		 512 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 517 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 484 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 499 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 736 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 499 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 499 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 501 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1035  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 544 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00577049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 471 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 341 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  38.42 
 
 		 466 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.64 
 
 		 772 aa  119  7e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 459 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0758  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.44 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 547 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 516 aa  119  9e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 565 aa  119  9e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  43.71 
 
 		 448 aa  119  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 342 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 578 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 554 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 579 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  41.42 
 
 		 314 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 353 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 578 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.88 
 
 		 459 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>