More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03006 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  100 
 
 		 520 aa  1072    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  58.06 
 
 		 489 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 523 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  40.04 
 
 		 544 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  41.02 
 
 		 527 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 523 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  42.8 
 
 		 517 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 524 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 545 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 526 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 526 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  41.13 
 
 		 529 aa  395  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  41.99 
 
 		 533 aa  393  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  40.58 
 
 		 448 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 532 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  36.91 
 
 		 532 aa  348  1e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 532 aa  343  5e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 547 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  32.43 
 
 		 536 aa  300  5e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 661 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  51.88 
 
 		 371 aa  139  8.999999999999999e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 491 aa  139  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 492 aa  137  5e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 351 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.48 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.5 
 
 		 425 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.95 
 
 		 418 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  26.26 
 
 		 542 aa  130  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 446 aa  130  6e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.34 
 
 		 531 aa  130  6e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 298 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 495 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.23 
 
 		 594 aa  130  8.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 620 aa  129  9.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  45.06 
 
 		 506 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 539 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  45.34 
 
 		 506 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  24.65 
 
 		 556 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 768 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.31 
 
 		 308 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 490 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 485 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 278 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 489 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 484 aa  128  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 489 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 432 aa  128  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 505 aa  128  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.99 
 
 		 457 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  43.14 
 
 		 362 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 314 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 499 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 		 499 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 499 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.4 
 
 		 455 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  42.07 
 
 		 459 aa  127  6e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.88 
 
 		 457 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 1078 aa  127  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 566 aa  126  9e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  40.52 
 
 		 591 aa  126  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 354 aa  126  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 457 aa  126  9e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  35.98 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 460 aa  125  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 580 aa  126  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 368 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 441 aa  126  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  126  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  40.74 
 
 		 689 aa  126  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.31 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  41.88 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 1826 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 569 aa  125  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  25 
 
 		 533 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 517 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 253 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 720 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 519 aa  124  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 357 aa  124  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  41.29 
 
 		 580 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 363 aa  124  4e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 249 aa  124  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.5 
 
 		 457 aa  124  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0031  diguanylate cyclase  28.08 
 
 		 501 aa  124  5e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0530472  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 		 324 aa  123  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 355 aa  124  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 		 288 aa  123  6e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 359 aa  123  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  26.65 
 
 		 574 aa  123  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0881  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 376 aa  123  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000228326  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0413  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 342 aa  123  8e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 350 aa  123  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 564 aa  123  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 490 aa  123  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 571 aa  123  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 736 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>