More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1019 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  100 
 
 		 351 aa  706    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 347 aa  230  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  36.86 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 350 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 342 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  36.01 
 
 		 354 aa  211  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  36.39 
 
 		 355 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 354 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 347 aa  210  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 342 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  35 
 
 		 355 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  34.8 
 
 		 355 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 340 aa  207  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  36.39 
 
 		 355 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 368 aa  206  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.43 
 
 		 339 aa  204  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 342 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  34.23 
 
 		 337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  35.44 
 
 		 337 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  34.7 
 
 		 319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 353 aa  190  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 355 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  33.03 
 
 		 339 aa  187  2e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  33.83 
 
 		 355 aa  187  3e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 352 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 372 aa  181  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 341 aa  181  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  34.34 
 
 		 341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 339 aa  180  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 369 aa  178  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 341 aa  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  32.62 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 341 aa  176  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  33.54 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.43 
 
 		 328 aa  175  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  32.83 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.85 
 
 		 333 aa  173  5e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 352 aa  170  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  33.72 
 
 		 347 aa  169  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 341 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 360 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  32.15 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 352 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.98 
 
 		 341 aa  155  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 504 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 349 aa  149  7e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 342 aa  147  3e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  33.33 
 
 		 334 aa  143  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 348 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.58 
 
 		 425 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  46.89 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 427 aa  139  6e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 611 aa  139  7e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 735 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  47.83 
 
 		 418 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 508 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  48.02 
 
 		 362 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  38.14 
 
 		 516 aa  137  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 659 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  49.38 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 378 aa  137  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  42.7 
 
 		 234 aa  136  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 485 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  41.14 
 
 		 461 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 630 aa  135  8e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 564 aa  135  8e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 395 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 559 aa  135  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.46 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 764 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.17 
 
 		 769 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  46.89 
 
 		 455 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  38.14 
 
 		 516 aa  134  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>