More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0172 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 328 aa  674    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  34.26 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 343 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 354 aa  189  7e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.01 
 
 		 355 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 352 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.12 
 
 		 355 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 347 aa  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  32.73 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 347 aa  176  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 351 aa  175  8e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 350 aa  175  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 342 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  34.8 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 372 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 352 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 369 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 369 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 368 aa  169  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 342 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 352 aa  166  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 352 aa  165  8e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 342 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 353 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.85 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31.8 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 341 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 353 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.21 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 341 aa  155  6e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  26.93 
 
 		 337 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  26.01 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  45.76 
 
 		 461 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  29.45 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 615 aa  149  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 353 aa  149  7e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 485 aa  149  9e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.65 
 
 		 466 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 485 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 485 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 492 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  45.03 
 
 		 645 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  46.71 
 
 		 485 aa  146  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 485 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  30.03 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  28.44 
 
 		 333 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.75 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 355 aa  144  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 486 aa  143  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 645 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  46.01 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 348 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 642 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 378 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 486 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 460 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  43.18 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.18 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  43.09 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.13 
 
 		 581 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  26.75 
 
 		 352 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  42.94 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36 
 
 		 458 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.84 
 
 		 458 aa  139  7e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 486 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.13 
 
 		 457 aa  139  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 486 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 486 aa  139  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  42.05 
 
 		 456 aa  139  7e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  42.05 
 
 		 461 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 451 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 696 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.1 
 
 		 421 aa  138  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  28.53 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>