More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2986 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  100 
 
 		 352 aa  724    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  86.36 
 
 		 355 aa  643    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  78.41 
 
 		 355 aa  588  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  74.63 
 
 		 355 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  68 
 
 		 354 aa  500  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  66.86 
 
 		 354 aa  487  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  65.71 
 
 		 355 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 353 aa  295  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 353 aa  292  5e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  43.14 
 
 		 369 aa  288  1e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 369 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  42.45 
 
 		 372 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  40 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 350 aa  233  4.0000000000000004e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 504 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 352 aa  203  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 352 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 342 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 342 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 342 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 342 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 342 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 347 aa  189  9e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  32.06 
 
 		 337 aa  187  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 352 aa  187  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  35.02 
 
 		 328 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  33.74 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 350 aa  184  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 368 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 343 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  32.7 
 
 		 319 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  33.75 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 340 aa  180  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  31.65 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 360 aa  179  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  33.74 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 353 aa  178  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 347 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 378 aa  161  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 340 aa  159  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 355 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.66 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 630 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 341 aa  149  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.59 
 
 		 347 aa  149  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 341 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  31.15 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.63 
 
 		 753 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  45.05 
 
 		 317 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.23 
 
 		 333 aa  145  9e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  30.43 
 
 		 341 aa  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 422 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 518 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 533 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 493 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 341 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 341 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  45.34 
 
 		 418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 550 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  45.28 
 
 		 425 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 493 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 532 aa  139  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.56 
 
 		 306 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.74 
 
 		 519 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 516 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.2 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.78 
 
 		 1262 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 453 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.67 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 516 aa  136  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 420 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 493 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  41.46 
 
 		 555 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.1 
 
 		 628 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.99 
 
 		 367 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  49.38 
 
 		 764 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>