More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2102 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  100 
 
 		 308 aa  635    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  96.43 
 
 		 342 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  94.16 
 
 		 342 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  94.74 
 
 		 319 aa  560  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  87.87 
 
 		 368 aa  557  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  86.36 
 
 		 342 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  86.36 
 
 		 342 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  86.69 
 
 		 342 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  86.69 
 
 		 342 aa  553  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  60.2 
 
 		 340 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  60.47 
 
 		 343 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  60.33 
 
 		 347 aa  370  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  57.81 
 
 		 347 aa  365  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  57.81 
 
 		 339 aa  365  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  55 
 
 		 350 aa  341  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  51.5 
 
 		 355 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 351 aa  171  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 354 aa  169  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 355 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 350 aa  161  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  160  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.3 
 
 		 355 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  31.96 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  31.62 
 
 		 352 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 355 aa  149  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 353 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.67 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  30.32 
 
 		 337 aa  143  5e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 353 aa  143  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  29.08 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 352 aa  139  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  30.1 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 372 aa  135  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  29.93 
 
 		 341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 369 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 341 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 341 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 341 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 341 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 341 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  28.19 
 
 		 339 aa  129  9.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 504 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  28.05 
 
 		 341 aa  125  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 341 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  28.37 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  27.33 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.12 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 352 aa  123  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  32.51 
 
 		 348 aa  122  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  47.22 
 
 		 457 aa  122  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.6 
 
 		 333 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  46.21 
 
 		 342 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  29.18 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 343 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2202  diguanylate cyclase  29.51 
 
 		 342 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.758849  normal  0.575152 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 360 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  44.85 
 
 		 583 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 359 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  26.8 
 
 		 352 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 764 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 764 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 764 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  26.47 
 
 		 352 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.53 
 
 		 457 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 443 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.5 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  47.66 
 
 		 622 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 591 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  49.3 
 
 		 506 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  45.39 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.79 
 
 		 466 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 324 aa  112  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 569 aa  112  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  45.27 
 
 		 492 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  46.85 
 
 		 507 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  45.27 
 
 		 492 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44 
 
 		 510 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  43.97 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  46.1 
 
 		 520 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 503 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  28.77 
 
 		 355 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  44.53 
 
 		 443 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.05 
 
 		 960 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44 
 
 		 510 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  43.97 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  43.97 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44 
 
 		 510 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 492 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>