More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1832 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  100 
 
 		 504 aa  1023    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 354 aa  256  8e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.29 
 
 		 355 aa  249  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 355 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 354 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  38.75 
 
 		 355 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 355 aa  241  2e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 352 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 353 aa  207  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 353 aa  207  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 369 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 352 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 369 aa  197  3e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 372 aa  196  7e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 352 aa  173  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  30.28 
 
 		 340 aa  172  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 351 aa  172  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 342 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 342 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 343 aa  163  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 342 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 342 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  30.09 
 
 		 355 aa  163  7e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 351 aa  161  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  30.61 
 
 		 368 aa  160  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 347 aa  160  6e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 352 aa  160  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.16 
 
 		 342 aa  160  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  30.38 
 
 		 319 aa  159  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 342 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 360 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 352 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3626  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.17 
 
 		 840 aa  157  6e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  30 
 
 		 339 aa  156  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  28.92 
 
 		 350 aa  154  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 347 aa  150  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2762  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  35.34 
 
 		 631 aa  150  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 498 aa  148  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 348 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  34.37 
 
 		 630 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  27.16 
 
 		 337 aa  141  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  32.06 
 
 		 328 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.27 
 
 		 768 aa  139  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 340 aa  138  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 308 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  33.94 
 
 		 531 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 499 aa  137  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 341 aa  137  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 343 aa  133  9e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 341 aa  133  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 775 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  26.98 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  28.08 
 
 		 341 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 341 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  28.84 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  25.47 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  27.16 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 341 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  37.81 
 
 		 648 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  27.59 
 
 		 341 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  26.58 
 
 		 341 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  26.73 
 
 		 349 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  42.59 
 
 		 306 aa  127  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 800 aa  126  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 202 aa  126  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.59 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  25.23 
 
 		 353 aa  125  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  26.88 
 
 		 341 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 614 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 359 aa  124  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.32 
 
 		 796 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 485 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 578 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  41.67 
 
 		 494 aa  123  6e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  26.96 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.32 
 
 		 796 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 402 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 308 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 796 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 696 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 554 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 794 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 794 aa  120  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 464 aa  120  7e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  29.5 
 
 		 690 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  38.82 
 
 		 323 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.51 
 
 		 791 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  27 
 
 		 355 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  35.62 
 
 		 574 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 584 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  40.24 
 
 		 796 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 508 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 578 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  40.62 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>