More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3254 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  100 
 
 		 351 aa  723    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  43.38 
 
 		 350 aa  271  9e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  44.55 
 
 		 355 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 355 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  41.8 
 
 		 355 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  42.12 
 
 		 354 aa  253  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  40 
 
 		 352 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  40.58 
 
 		 355 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 353 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 353 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  38.11 
 
 		 352 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 372 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 369 aa  226  4e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 369 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 352 aa  209  8e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 343 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  35.09 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 360 aa  195  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 359 aa  189  8e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 368 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 352 aa  184  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 348 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 352 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 342 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.06 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 341 aa  178  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 378 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 341 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 319 aa  176  6e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.31 
 
 		 355 aa  176  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 342 aa  176  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 347 aa  175  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.78 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 342 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 341 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  31.7 
 
 		 341 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  30.91 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  32.22 
 
 		 341 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 504 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  28.15 
 
 		 339 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.42 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  32.12 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  28.66 
 
 		 337 aa  157  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  28.35 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 349 aa  146  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.5 
 
 		 628 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.35 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  28.83 
 
 		 355 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 374 aa  142  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 507 aa  142  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 758 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 507 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  43.18 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 355 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 485 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 346 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  31.46 
 
 		 334 aa  139  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 454 aa  138  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 485 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 481 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.04 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 516 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 485 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  41.98 
 
 		 603 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 486 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  40.39 
 
 		 420 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 481 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 532 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 764 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 764 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 764 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 485 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 510 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 451 aa  132  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 486 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>