More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1878 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 339 aa  694    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  65.98 
 
 		 340 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  60.78 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  60.78 
 
 		 342 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  60.48 
 
 		 342 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  60.78 
 
 		 342 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  59.1 
 
 		 342 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  59.28 
 
 		 342 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  58.38 
 
 		 368 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  58.81 
 
 		 319 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  53.33 
 
 		 343 aa  371  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  52.55 
 
 		 347 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  54.22 
 
 		 350 aa  368  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  57.81 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  50 
 
 		 347 aa  348  1e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  47.75 
 
 		 355 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 351 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 354 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  34.78 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  34.36 
 
 		 355 aa  182  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  32.73 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.66 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  30.47 
 
 		 337 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  31.69 
 
 		 339 aa  166  5e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 352 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 372 aa  159  9e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  29.46 
 
 		 353 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 350 aa  156  6e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 369 aa  155  8e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  32.4 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 360 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 359 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  29.76 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  30 
 
 		 504 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  29.5 
 
 		 341 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  28.02 
 
 		 340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  29.97 
 
 		 347 aa  146  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  32.42 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 341 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  28.98 
 
 		 352 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  29.67 
 
 		 355 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  28.66 
 
 		 341 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  29.25 
 
 		 341 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  43.08 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  29.01 
 
 		 355 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 451 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 510 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 355 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 510 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 348 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 510 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  27.83 
 
 		 352 aa  136  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  27.01 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  30.89 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 696 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 569 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2939  GGDEF  41.67 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 574 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  34.63 
 
 		 689 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.07 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 772 aa  132  9e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  44.05 
 
 		 477 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 340 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 736 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 440 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 460 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 340 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 485 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 314 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 628 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 439 aa  129  6e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  38.66 
 
 		 340 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 517 aa  129  6e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 510 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.29 
 
 		 353 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  28.71 
 
 		 378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>