More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4457 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  88.04 
 
 		 486 aa  900    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 485 aa  996    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  67.42 
 
 		 485 aa  694    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  88.04 
 
 		 486 aa  902    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  88.25 
 
 		 486 aa  902    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  88.45 
 
 		 486 aa  904    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  94.02 
 
 		 485 aa  950    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  70.87 
 
 		 485 aa  723    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  70.1 
 
 		 485 aa  735    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  87.42 
 
 		 486 aa  894    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  94.64 
 
 		 485 aa  949    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  93.2 
 
 		 485 aa  946    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  52.74 
 
 		 512 aa  519  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  52.28 
 
 		 490 aa  512  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  51.24 
 
 		 490 aa  505  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 490 aa  462  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  46.04 
 
 		 491 aa  458  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 508 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 495 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 493 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  41.82 
 
 		 498 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 487 aa  379  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.79 
 
 		 493 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.16 
 
 		 493 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 476 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 477 aa  315  9.999999999999999e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  34.75 
 
 		 477 aa  313  4.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 477 aa  298  1e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  46.82 
 
 		 425 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 474 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 794 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.75 
 
 		 418 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  49.07 
 
 		 492 aa  154  4e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 464 aa  153  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 373 aa  150  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41 
 
 		 628 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  28.13 
 
 		 495 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 632 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 381 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 532 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 459 aa  147  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 1826 aa  147  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 237 aa  147  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 466 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 304 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 403 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 454 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  45.4 
 
 		 457 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  42.33 
 
 		 454 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 		 791 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  46.71 
 
 		 328 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 532 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.64 
 
 		 531 aa  144  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 698 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 454 aa  144  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  44.25 
 
 		 443 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 550 aa  144  5e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 738 aa  143  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.43 
 
 		 353 aa  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 476 aa  143  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 353 aa  143  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 307 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 638 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  41.57 
 
 		 458 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 659 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 1099 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 1774 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.69 
 
 		 722 aa  141  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 411 aa  141  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 775 aa  141  3e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 		 1078 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.24 
 
 		 797 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.71 
 
 		 448 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 263 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 768 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 570 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.94 
 
 		 457 aa  140  4.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 464 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  40 
 
 		 413 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 317 aa  140  6e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 360 aa  140  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 556 aa  140  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  37.2 
 
 		 649 aa  140  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.3 
 
 		 301 aa  140  6e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 635 aa  140  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 571 aa  140  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 353 aa  140  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.11 
 
 		 550 aa  140  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  39.66 
 
 		 474 aa  140  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 499 aa  139  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.33 
 
 		 461 aa  139  8.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.59 
 
 		 415 aa  139  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 566 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 332 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>