More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1769 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  100 
 
 		 464 aa  955    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  40.9 
 
 		 474 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 461 aa  325  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  28 
 
 		 485 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  27.79 
 
 		 485 aa  159  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  27.37 
 
 		 485 aa  157  6e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 486 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 486 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  26.36 
 
 		 485 aa  153  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 490 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  27.43 
 
 		 477 aa  152  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  25.74 
 
 		 486 aa  147  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  25.64 
 
 		 491 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  28.18 
 
 		 493 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  26.11 
 
 		 485 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  26.95 
 
 		 477 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.06 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  27.44 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 578 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 495 aa  134  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  24.95 
 
 		 485 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  25.69 
 
 		 490 aa  133  7.999999999999999e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 508 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  26.39 
 
 		 490 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 499 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  25.97 
 
 		 493 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  25.51 
 
 		 476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 409 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.94 
 
 		 550 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 772 aa  125  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 405 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  25.34 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  25.05 
 
 		 487 aa  124  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  24.69 
 
 		 477 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 483 aa  124  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 373 aa  123  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 482 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.25 
 
 		 634 aa  123  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  43.59 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  35.66 
 
 		 1339 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 482 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  34.76 
 
 		 489 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  38.71 
 
 		 435 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.27 
 
 		 901 aa  120  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 334 aa  119  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 512 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 615 aa  119  7.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 370 aa  119  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 554 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.49 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 314 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 467 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  40.83 
 
 		 353 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 368 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 315 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 		 266 aa  117  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 532 aa  117  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  41.29 
 
 		 583 aa  117  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0716  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 619 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 328 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  42.04 
 
 		 235 aa  117  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 328 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 328 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 916 aa  116  6.9999999999999995e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 610 aa  116  6.9999999999999995e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  42.04 
 
 		 275 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.61 
 
 		 454 aa  116  8.999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 309 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 362 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 791 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 257 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 345 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 362 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 577 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 257 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 571 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  38.61 
 
 		 368 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  37.27 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  33 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.25 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0401  hypothetical protein  40.13 
 
 		 296 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.12 
 
 		 484 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.14 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.67 
 
 		 949 aa  114  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  41.67 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 650 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 636 aa  114  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 488 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>