More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3878 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  100 
 
 		 474 aa  969    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  56.16 
 
 		 461 aa  546  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 464 aa  386  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 486 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 486 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  28.13 
 
 		 486 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  28.13 
 
 		 486 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  28.13 
 
 		 486 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  29.31 
 
 		 485 aa  169  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 485 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  27.17 
 
 		 508 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  27.62 
 
 		 485 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  27.33 
 
 		 485 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  26.78 
 
 		 485 aa  159  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  27.19 
 
 		 493 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  28.18 
 
 		 485 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 493 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 485 aa  149  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  25.76 
 
 		 491 aa  149  9e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  26.36 
 
 		 493 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  27.18 
 
 		 477 aa  148  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  29.13 
 
 		 490 aa  147  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  26.62 
 
 		 487 aa  144  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  25.87 
 
 		 490 aa  144  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  28.09 
 
 		 490 aa  143  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  24.83 
 
 		 495 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  25.8 
 
 		 477 aa  140  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  26.24 
 
 		 498 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  27.02 
 
 		 476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  23.78 
 
 		 477 aa  121  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  23.36 
 
 		 512 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 324 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  39.31 
 
 		 443 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  30.29 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  25.1 
 
 		 517 aa  117  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 362 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.31 
 
 		 675 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 320 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 570 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 		 550 aa  113  9e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 405 aa  113  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 381 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 636 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 642 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 395 aa  111  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 380 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 395 aa  111  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  36.08 
 
 		 435 aa  110  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 559 aa  110  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0539  GGDEF  45.59 
 
 		 432 aa  110  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 427 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 324 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.53 
 
 		 800 aa  109  9.000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 438 aa  109  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  41.83 
 
 		 275 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  41.83 
 
 		 235 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  27.55 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  27.55 
 
 		 431 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  27.55 
 
 		 431 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  27.55 
 
 		 431 aa  108  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  27.55 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  36.75 
 
 		 634 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  31.34 
 
 		 621 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  27.55 
 
 		 431 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 612 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  27.55 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  33.18 
 
 		 324 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 403 aa  108  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 866 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 411 aa  108  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 526 aa  108  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 632 aa  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 461 aa  107  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  31.44 
 
 		 684 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  34.15 
 
 		 430 aa  107  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 532 aa  107  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 387 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 495 aa  107  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 328 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 357 aa  107  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 304 aa  107  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  33.54 
 
 		 430 aa  107  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>