More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4411 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  100 
 
 		 485 aa  999    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  67.22 
 
 		 485 aa  713    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  67.42 
 
 		 485 aa  716    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  67.01 
 
 		 485 aa  684    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  65.77 
 
 		 486 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  65.98 
 
 		 486 aa  702    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  65.77 
 
 		 486 aa  699    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  71.55 
 
 		 485 aa  739    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  65.98 
 
 		 486 aa  703    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  67.42 
 
 		 485 aa  716    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  66.19 
 
 		 486 aa  703    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  67.63 
 
 		 485 aa  715    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  49.16 
 
 		 512 aa  490  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  50.94 
 
 		 490 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  49.9 
 
 		 490 aa  480  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 491 aa  451  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 490 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 508 aa  395  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 495 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  40.54 
 
 		 498 aa  376  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 493 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 487 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 493 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.92 
 
 		 493 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 476 aa  316  8e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 477 aa  311  2e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  33.26 
 
 		 477 aa  307  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 477 aa  299  7e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 474 aa  159  8e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  40.51 
 
 		 400 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 615 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 632 aa  145  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 464 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  47.34 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 638 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  41.36 
 
 		 413 aa  144  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.24 
 
 		 531 aa  144  5e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 237 aa  143  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 237 aa  143  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  45.09 
 
 		 425 aa  143  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 357 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 517 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 263 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 738 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 405 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 768 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  43.02 
 
 		 443 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 587 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 495 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 794 aa  141  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.71 
 
 		 634 aa  141  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 220 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  39.67 
 
 		 712 aa  141  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 532 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 612 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 459 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  43.11 
 
 		 328 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.11 
 
 		 415 aa  139  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.59 
 
 		 721 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  39.9 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 389 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 304 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.78 
 
 		 448 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 775 aa  137  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  38.86 
 
 		 649 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  25.82 
 
 		 545 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 554 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 362 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 556 aa  136  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 1774 aa  136  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 603 aa  136  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 458 aa  136  9e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 532 aa  136  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 320 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.79 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.35 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 758 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 362 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 778 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 499 aa  135  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.89 
 
 		 550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 569 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 487 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 1099 aa  134  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 460 aa  134  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  34.88 
 
 		 312 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 559 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 308 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 569 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 259 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 372 aa  134  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 492 aa  134  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>