More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3489 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 312 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2269  GGDEF family protein  34.62 
 
 		 312 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0690454  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 476 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 		 610 aa  146  4.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  45 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 539 aa  144  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 486 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 659 aa  143  4e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 508 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 1078 aa  138  8.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.49 
 
 		 890 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 485 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.6 
 
 		 890 aa  135  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 486 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 486 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 486 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 486 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.85 
 
 		 485 aa  135  9e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 772 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 416 aa  134  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 392 aa  133  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 		 681 aa  133  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 671 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 508 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.79 
 
 		 901 aa  132  9e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 485 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.73 
 
 		 668 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 530 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 612 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 696 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  43.56 
 
 		 712 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 485 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.51 
 
 		 474 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 		 565 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 483 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 466 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 460 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 403 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  40 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 485 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  39.78 
 
 		 985 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  30.69 
 
 		 437 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  40 
 
 		 624 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 460 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 398 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 794 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  40 
 
 		 628 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 350 aa  126  6e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  40 
 
 		 516 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 614 aa  125  9e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  40 
 
 		 625 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 628 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  40 
 
 		 621 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 370 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 482 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 482 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 381 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 768 aa  124  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  33.99 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 388 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.02 
 
 		 581 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  38.18 
 
 		 690 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 454 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 357 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.64 
 
 		 448 aa  124  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 753 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 735 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 625 aa  123  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 625 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 758 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 645 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 487 aa  123  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 373 aa  122  5e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  38.35 
 
 		 489 aa  123  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 628 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 574 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 362 aa  122  6e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  35.38 
 
 		 634 aa  122  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 461 aa  122  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  37.22 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 401 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 369 aa  122  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 477 aa  122  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 382 aa  122  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  39.39 
 
 		 645 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 308 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 364 aa  122  9e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 493 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 625 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 420 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.45 
 
 		 572 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  33.67 
 
 		 965 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.38 
 
 		 423 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 357 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>