More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4798 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  69.07 
 
 		 485 aa  699    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  70.1 
 
 		 485 aa  735    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  100 
 
 		 485 aa  997    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  69.48 
 
 		 486 aa  728    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  69.69 
 
 		 486 aa  729    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  69.48 
 
 		 486 aa  726    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  68.25 
 
 		 486 aa  712    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  69.48 
 
 		 486 aa  729    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  69.69 
 
 		 485 aa  734    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  69.48 
 
 		 485 aa  732    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4411  diguanylate cyclase  71.55 
 
 		 485 aa  713    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.244707 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  69.07 
 
 		 485 aa  729    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  50.73 
 
 		 490 aa  501  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  49.48 
 
 		 490 aa  486  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  48.95 
 
 		 512 aa  487  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  45.96 
 
 		 491 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  46.46 
 
 		 490 aa  466  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  42.2 
 
 		 498 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 508 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 493 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 495 aa  368  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 487 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.88 
 
 		 493 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 		 493 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  35.38 
 
 		 477 aa  322  8e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  35 
 
 		 476 aa  313  3.9999999999999997e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 477 aa  310  5e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 477 aa  298  1e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 768 aa  157  3e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 495 aa  152  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 304 aa  152  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 615 aa  150  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 492 aa  151  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  44.83 
 
 		 425 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  47.06 
 
 		 418 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  44.91 
 
 		 328 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 1078 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3878  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 474 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.431493  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 220 aa  143  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 336 aa  142  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 569 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 454 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 632 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 448 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  42.33 
 
 		 457 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  34.94 
 
 		 649 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.33 
 
 		 457 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 775 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.33 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 722 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 1826 aa  139  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.72 
 
 		 466 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 482 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.86 
 
 		 415 aa  138  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  38.69 
 
 		 400 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 373 aa  138  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 732 aa  137  4e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 357 aa  137  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 403 aa  137  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 517 aa  137  5e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 659 aa  137  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 1099 aa  137  5e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.42 
 
 		 461 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 322 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 354 aa  136  7.000000000000001e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  42.13 
 
 		 563 aa  136  8e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  41.72 
 
 		 457 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 458 aa  136  8e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 628 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 464 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 422 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.51 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 539 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 556 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 738 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  27.43 
 
 		 532 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.85 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 559 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 612 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  41.1 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 1774 aa  134  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  40 
 
 		 638 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 357 aa  134  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 237 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03889  diguanylate cyclase  26.71 
 
 		 461 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  38.59 
 
 		 603 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  24.95 
 
 		 464 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.56 
 
 		 413 aa  134  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.89 
 
 		 1032 aa  134  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  40.48 
 
 		 448 aa  133  6e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 263 aa  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 355 aa  133  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>