More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2382 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  100 
 
 		 649 aa  1340    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  38.61 
 
 		 596 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 577 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 575 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  39 
 
 		 575 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 581 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 575 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 581 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 581 aa  379  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 581 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 595 aa  331  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 576 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 593 aa  317  5e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 587 aa  295  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  32.32 
 
 		 578 aa  282  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 622 aa  223  9e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  29.88 
 
 		 642 aa  219  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 610 aa  206  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  31.13 
 
 		 589 aa  186  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 585 aa  179  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  29.98 
 
 		 592 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 613 aa  174  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  29.36 
 
 		 585 aa  172  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 307 aa  140  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.2 
 
 		 485 aa  140  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 485 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 485 aa  137  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 486 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 486 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 486 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 486 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 486 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40 
 
 		 485 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 485 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  43.75 
 
 		 796 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 645 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  40.91 
 
 		 563 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  31.3 
 
 		 684 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.21 
 
 		 493 aa  128  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  43.12 
 
 		 323 aa  128  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 485 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 493 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 794 aa  127  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 642 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 653 aa  127  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  35.92 
 
 		 431 aa  127  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 298 aa  127  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 422 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 696 aa  125  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 645 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  42.68 
 
 		 327 aa  125  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  25.97 
 
 		 694 aa  125  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  42.33 
 
 		 721 aa  124  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 322 aa  124  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 308 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 308 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.76 
 
 		 457 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 459 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 393 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  30.64 
 
 		 621 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 317 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.36 
 
 		 457 aa  122  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 379 aa  122  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 492 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 578 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 388 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 941 aa  121  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  39.38 
 
 		 498 aa  120  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 495 aa  120  7.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 457 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 493 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 1774 aa  120  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.59 
 
 		 675 aa  120  9e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 295 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.05 
 
 		 316 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.17 
 
 		 640 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 1099 aa  119  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  35.79 
 
 		 625 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 405 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 578 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  31.75 
 
 		 461 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  39.63 
 
 		 430 aa  118  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3334  GGDEF family protein  40.49 
 
 		 574 aa  118  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.63 
 
 		 430 aa  118  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  39.63 
 
 		 431 aa  118  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  39.63 
 
 		 431 aa  118  3e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.63 
 
 		 430 aa  118  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 452 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  39.63 
 
 		 431 aa  118  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40 
 
 		 578 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.03 
 
 		 425 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  39.63 
 
 		 431 aa  118  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  34.29 
 
 		 690 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  42.01 
 
 		 323 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 313 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 313 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 411 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>