More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1085 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  100 
 
 		 357 aa  730    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  60 
 
 		 266 aa  353  2.9999999999999997e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 370 aa  289  4e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  39.58 
 
 		 366 aa  250  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 368 aa  237  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 381 aa  223  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3762  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 368 aa  216  4e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.742847  normal  0.824996 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 403 aa  215  9e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 372 aa  206  4e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 364 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 368 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.61 
 
 		 418 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 381 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 364 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 362 aa  152  8e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 492 aa  150  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 237 aa  149  8e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 360 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 382 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 570 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 317 aa  147  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 459 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 380 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.6 
 
 		 698 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 661 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 510 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 510 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 510 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.69 
 
 		 675 aa  143  5e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 386 aa  143  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  28.32 
 
 		 353 aa  142  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 722 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 403 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 587 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 382 aa  142  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  33.47 
 
 		 454 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 466 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  33.6 
 
 		 466 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  33.6 
 
 		 466 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  33.6 
 
 		 466 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  33.6 
 
 		 466 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  33.47 
 
 		 454 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.77 
 
 		 425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 632 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 736 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 		 531 aa  140  3e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 1037 aa  140  3e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  34.39 
 
 		 628 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 422 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 373 aa  140  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 485 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 495 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 335 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  28.41 
 
 		 379 aa  140  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 314 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.03 
 
 		 820 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 314 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  39.18 
 
 		 393 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 227 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 505 aa  139  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 498 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 1774 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  39.2 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 323 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 569 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 554 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 407 aa  137  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  41.4 
 
 		 565 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 378 aa  137  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  40.59 
 
 		 340 aa  137  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.67 
 
 		 474 aa  136  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 550 aa  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 615 aa  137  4e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  36.05 
 
 		 362 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  41.82 
 
 		 428 aa  136  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 730 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 461 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>