More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3750 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  100 
 
 		 721 aa  1466    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  56.07 
 
 		 638 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 686 aa  372  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 674 aa  327  5e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 		 1004 aa  300  6e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.05 
 
 		 1075 aa  292  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 		 1004 aa  289  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  43.48 
 
 		 593 aa  274  4.0000000000000004e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 		 1238 aa  239  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 915 aa  235  3e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  34.7 
 
 		 1065 aa  206  1e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  53.93 
 
 		 377 aa  206  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 778 aa  195  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  34.09 
 
 		 856 aa  192  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.11 
 
 		 531 aa  191  4e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 794 aa  188  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  41.23 
 
 		 398 aa  187  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 775 aa  181  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 821 aa  177  7e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  47.85 
 
 		 608 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.62 
 
 		 314 aa  172  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  46.55 
 
 		 273 aa  172  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.29 
 
 		 1079 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  46.55 
 
 		 565 aa  171  5e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  51.48 
 
 		 555 aa  171  5e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 		 352 aa  167  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.56 
 
 		 557 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  47.4 
 
 		 609 aa  164  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  47.4 
 
 		 709 aa  164  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.33 
 
 		 407 aa  163  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.02 
 
 		 668 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  47.52 
 
 		 498 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.26 
 
 		 668 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2246  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.82 
 
 		 764 aa  161  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00114324  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 1099 aa  161  5e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  47.49 
 
 		 323 aa  159  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 494 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  49.43 
 
 		 563 aa  157  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.53 
 
 		 341 aa  156  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 494 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 893 aa  156  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.39 
 
 		 431 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.65 
 
 		 663 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.93 
 
 		 550 aa  153  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 646 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.41 
 
 		 457 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 464 aa  152  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.8 
 
 		 843 aa  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 322 aa  152  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  34.69 
 
 		 659 aa  152  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.03 
 
 		 722 aa  151  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 574 aa  151  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  45.13 
 
 		 517 aa  151  5e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 574 aa  150  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 523 aa  150  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  44.12 
 
 		 583 aa  150  7e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 492 aa  150  9e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 405 aa  150  9e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.19 
 
 		 564 aa  150  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 317 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 317 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 295 aa  150  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.48 
 
 		 316 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.92 
 
 		 728 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 317 aa  149  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4428  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 524 aa  148  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.11127  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.66 
 
 		 722 aa  148  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  43.41 
 
 		 457 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34 
 
 		 505 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 338 aa  147  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  30.7 
 
 		 428 aa  147  7.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 715 aa  147  7.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.84 
 
 		 1423 aa  146  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 314 aa  146  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 631 aa  146  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 610 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5913  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 364 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.95 
 
 		 457 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 565 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.07 
 
 		 558 aa  145  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 505 aa  144  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 308 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 464 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 308 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6208  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 467 aa  144  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  49.4 
 
 		 498 aa  144  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.15 
 
 		 636 aa  144  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 314 aa  144  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 309 aa  143  9e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.63 
 
 		 1047 aa  143  9.999999999999999e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.43 
 
 		 457 aa  143  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.46 
 
 		 632 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 696 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.98 
 
 		 455 aa  142  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 675 aa  141  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 361 aa  142  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 622 aa  142  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.11 
 
 		 1000 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 1826 aa  141  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.31 
 
 		 308 aa  140  6e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>