More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0248 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  100 
 
 		 1065 aa  2170    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 794 aa  326  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  35.28 
 
 		 856 aa  313  7.999999999999999e-84  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  45.16 
 
 		 474 aa  281  6e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 778 aa  274  6e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 464 aa  272  2.9999999999999997e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.77 
 
 		 768 aa  260  9e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 458 aa  256  2.0000000000000002e-66  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 821 aa  253  1e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 775 aa  244  5e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  28.78 
 
 		 893 aa  242  2.9999999999999997e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 674 aa  226  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.11 
 
 		 1075 aa  223  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.81 
 
 		 1238 aa  221  6e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 686 aa  218  4e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  28.62 
 
 		 1574 aa  216  9.999999999999999e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 		 915 aa  217  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 		 1004 aa  206  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 1004 aa  206  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.87 
 
 		 1251 aa  206  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  35.23 
 
 		 721 aa  205  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  34.02 
 
 		 593 aa  204  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.58 
 
 		 589 aa  185  3e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.53 
 
 		 1410 aa  171  5e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  26.16 
 
 		 2035 aa  171  9e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.82 
 
 		 2213 aa  170  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  30.72 
 
 		 375 aa  164  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  26.52 
 
 		 714 aa  164  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  23.08 
 
 		 935 aa  159  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.21 
 
 		 2654 aa  157  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.92 
 
 		 1788 aa  150  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  30.24 
 
 		 489 aa  149  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0687  ATP-binding region ATPase domain protein  22.86 
 
 		 813 aa  149  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 507 aa  148  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  28.62 
 
 		 507 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 488 aa  145  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  27.74 
 
 		 484 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  27.9 
 
 		 366 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 483 aa  142  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  28.48 
 
 		 482 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0782  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 		 729 aa  140  1e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.15545  normal  0.515162 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  27.83 
 
 		 482 aa  140  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 		 1165 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1958  putative PAS/PAC sensor protein  25.12 
 
 		 598 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  23.3 
 
 		 712 aa  126  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2961  GGDEF domain-containing protein  32.75 
 
 		 204 aa  125  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0857681  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  29.34 
 
 		 503 aa  125  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 		 1247 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2444  sensor histidine kinase  23.41 
 
 		 610 aa  120  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.119384  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  26.59 
 
 		 1245 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 		 955 aa  118  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  24.44 
 
 		 1686 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  29.47 
 
 		 360 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.08 
 
 		 1247 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1136  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 342 aa  115  7.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0726  histidine kinase  23.37 
 
 		 570 aa  115  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.408803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  28.16 
 
 		 323 aa  114  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.08 
 
 		 1247 aa  112  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.53 
 
 		 346 aa  111  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  24.75 
 
 		 1247 aa  111  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.34 
 
 		 1244 aa  110  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0500  histidine kinase  20.46 
 
 		 922 aa  110  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  22.41 
 
 		 928 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  30.04 
 
 		 344 aa  110  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  22.41 
 
 		 928 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  26.69 
 
 		 336 aa  110  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  22.89 
 
 		 928 aa  109  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1010  signal transduction histidine kinase  25.65 
 
 		 626 aa  109  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1881  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.23 
 
 		 475 aa  108  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  22.65 
 
 		 912 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0144  sensor protein evgS precursor  21.49 
 
 		 830 aa  107  9e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.7 
 
 		 1248 aa  107  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  29.3 
 
 		 323 aa  107  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  25.96 
 
 		 354 aa  107  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.16 
 
 		 326 aa  107  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  31.39 
 
 		 359 aa  107  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  26.75 
 
 		 330 aa  106  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.22 
 
 		 1681 aa  107  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.22 
 
 		 1681 aa  106  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  29.77 
 
 		 324 aa  107  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1882  NMT1/THI5 like domain-containing protein  30.88 
 
 		 361 aa  106  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.4783 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  27.18 
 
 		 578 aa  105  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  30 
 
 		 382 aa  105  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.96 
 
 		 330 aa  105  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.3 
 
 		 332 aa  105  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1864  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.16 
 
 		 1069 aa  105  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0404414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0376  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 412 aa  105  6e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.439809  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3639  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  20.74 
 
 		 1210 aa  104  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.847136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  25.09 
 
 		 1245 aa  104  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0449  ATP-binding region ATPase domain protein  33.67 
 
 		 532 aa  104  9e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000148075  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.73 
 
 		 342 aa  103  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0191  sensor protein EvgS  21.5 
 
 		 830 aa  103  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.337786  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4640  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.57 
 
 		 1194 aa  103  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0814409  normal  0.0127622 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  26.09 
 
 		 329 aa  102  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  28.22 
 
 		 357 aa  103  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.08 
 
 		 329 aa  102  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  24.41 
 
 		 1689 aa  102  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1482  sensory box histidine kinase/response regulator  23.16 
 
 		 1213 aa  101  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2100  two-component sensor protein  20.65 
 
 		 1211 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349009  normal  0.142111 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3204  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.57 
 
 		 336 aa  100  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0443411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>