More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4002 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  100 
 
 		 1689 aa  3459    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  45.85 
 
 		 1686 aa  1364    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.1 
 
 		 1681 aa  1355    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.98 
 
 		 1681 aa  1358    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  29.96 
 
 		 2035 aa  470  9.999999999999999e-131  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  37.17 
 
 		 1763 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0628  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.45 
 
 		 1765 aa  437  1e-121  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  32.16 
 
 		 1683 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.37 
 
 		 1767 aa  428  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3200  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.56 
 
 		 1768 aa  426  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.36 
 
 		 1767 aa  426  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.05 
 
 		 1771 aa  421  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0859  sensory box histidine kinase/response regulator  36.8 
 
 		 1765 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 		 1767 aa  412  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.91 
 
 		 1165 aa  411  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.46 
 
 		 2213 aa  403  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.92 
 
 		 1310 aa  402  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.46 
 
 		 1582 aa  399  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.1 
 
 		 920 aa  400  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3164  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 		 1245 aa  394  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.26571  hitchhiker  0.00125378 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0965  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.26 
 
 		 1331 aa  396  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2063  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 		 1622 aa  390  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.578386 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0008  PAS  31.35 
 
 		 1439 aa  385  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.130257  normal  0.0574671 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 		 1245 aa  385  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0829  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.1 
 
 		 1240 aa  381  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.41 
 
 		 1611 aa  382  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  35.5 
 
 		 1574 aa  379  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3070  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.06 
 
 		 1166 aa  379  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109625 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3028  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 		 1426 aa  370  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.514624  normal  0.437775 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 1303 aa  367  1e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2502  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 957 aa  360  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000217317 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  35.95 
 
 		 1053 aa  360  9.999999999999999e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2263  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 		 1009 aa  355  5e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 		 1284 aa  352  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.92301  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0463  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 		 1314 aa  350  2e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.332875  normal  0.985136 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 		 1005 aa  347  2e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.96 
 
 		 1603 aa  341  5.9999999999999996e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3459  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  34.82 
 
 		 1055 aa  336  2e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0981  putative sensor/response regulator hybrid  30.79 
 
 		 1418 aa  334  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195382  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10770  putative sensor/response regulator hybrid  31.23 
 
 		 1417 aa  332  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.903284 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0747  signal transduction histidine kinase-like protein  34.8 
 
 		 1287 aa  331  6e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3129  sensory box histidine kinase/response regulator  33.45 
 
 		 1236 aa  329  3e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4016  putative PAS/PAC sensor protein  33.33 
 
 		 1626 aa  329  3e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.19 
 
 		 1560 aa  328  4.0000000000000003e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  39 
 
 		 1234 aa  328  5e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.881781  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0577  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 1236 aa  327  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3453  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 1236 aa  327  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0576  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.45 
 
 		 1236 aa  326  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.14 
 
 		 1238 aa  326  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0537  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.41 
 
 		 1238 aa  326  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0577  sensory box histidine kinase/response regulator  33.53 
 
 		 1188 aa  325  4e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.03 
 
 		 1238 aa  325  4e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0627  histidine kinase  37.31 
 
 		 1200 aa  325  4e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3731  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 		 1238 aa  324  8e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.46 
 
 		 1245 aa  324  8e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0538  ATP-binding region, ATPase-like protein  32.75 
 
 		 1233 aa  324  9.999999999999999e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 		 1033 aa  322  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0459  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.75 
 
 		 1230 aa  322  3e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.328016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 		 833 aa  322  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3702  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.7 
 
 		 1234 aa  322  3.9999999999999996e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1548  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.93 
 
 		 929 aa  322  3.9999999999999996e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3344  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.09 
 
 		 1390 aa  320  1e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3011  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.74 
 
 		 1436 aa  320  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.701044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00475  two-component system sensor histidine kinase-response regulator hybridprotein  33.82 
 
 		 1364 aa  318  4e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.679058  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.29 
 
 		 1193 aa  317  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3502  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 		 1236 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1683  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.57 
 
 		 1659 aa  315  4.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 		 1202 aa  314  1e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  33.03 
 
 		 1014 aa  310  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.47 
 
 		 940 aa  308  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.66 
 
 		 816 aa  308  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2282  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.24 
 
 		 685 aa  307  1.0000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 1275 aa  304  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 		 1643 aa  304  1e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 946 aa  301  5e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.43 
 
 		 1251 aa  301  7e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.16 
 
 		 1040 aa  301  9e-80  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.48 
 
 		 1333 aa  301  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2813  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.29 
 
 		 1632 aa  300  2e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4205  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.14 
 
 		 1625 aa  299  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3788  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.36 
 
 		 1042 aa  299  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2891  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  38.26 
 
 		 858 aa  298  5e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.432629 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4133  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.47 
 
 		 1629 aa  296  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4337  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.16 
 
 		 1629 aa  294  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.571014  normal  0.322198 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3604  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.96 
 
 		 1172 aa  294  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0136  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.28 
 
 		 912 aa  293  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.122478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0223  PAS  33.98 
 
 		 1214 aa  293  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  33.17 
 
 		 1021 aa  291  8e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1029  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.84 
 
 		 1820 aa  291  1e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.165868 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.31 
 
 		 682 aa  290  1e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01579  Response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like protein  35.7 
 
 		 891 aa  289  2.9999999999999996e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.04 
 
 		 993 aa  288  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  32.46 
 
 		 923 aa  288  5.999999999999999e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00899  sensory box histidine kinase/response regulator  36.62 
 
 		 1070 aa  286  2.0000000000000002e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0601  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.01 
 
 		 1442 aa  286  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3920  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 		 758 aa  285  8.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.23 
 
 		 1326 aa  284  9e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.129878 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.38 
 
 		 1305 aa  284  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2078  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.8 
 
 		 990 aa  280  1e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.553649  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2979  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.62 
 
 		 1340 aa  280  1e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.698765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>