More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0841 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
489 aa  1019    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  72.23 
 
 
484 aa  726    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  71.13 
 
 
507 aa  728    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  83.12 
 
 
482 aa  853    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  71.34 
 
 
507 aa  731    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  83.75 
 
 
482 aa  855    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  82.5 
 
 
483 aa  834    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  53.5 
 
 
488 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  71.56 
 
 
366 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  35.34 
 
 
503 aa  295  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  47.54 
 
 
292 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  32.89 
 
 
714 aa  268  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  32.68 
 
 
458 aa  259  7e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  32.06 
 
 
464 aa  254  3e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  32.13 
 
 
935 aa  252  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.56 
 
 
474 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.93 
 
 
794 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  67.5 
 
 
160 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  30.15 
 
 
778 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2961  GGDEF domain-containing protein  59.04 
 
 
204 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0857681  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  25.74 
 
 
775 aa  207  4e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  25.73 
 
 
712 aa  192  9e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  29.27 
 
 
941 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
589 aa  181  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
932 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  28.07 
 
 
928 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  28.31 
 
 
937 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  28.54 
 
 
928 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.07 
 
 
912 aa  173  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  27.84 
 
 
928 aa  173  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  28.44 
 
 
937 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  28.34 
 
 
923 aa  167  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 
937 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  27.78 
 
 
937 aa  161  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  27.78 
 
 
937 aa  161  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  26.42 
 
 
932 aa  150  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  30.24 
 
 
1065 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
955 aa  146  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.76 
 
 
772 aa  144  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
1251 aa  143  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
738 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  41.56 
 
 
427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 
768 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 
461 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  27 
 
 
469 aa  139  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  32.37 
 
 
487 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  36.55 
 
 
690 aa  134  3e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.63 
 
 
565 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
548 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.85 
 
 
610 aa  134  3.9999999999999996e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.36 
 
 
669 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  36.23 
 
 
753 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  30.11 
 
 
893 aa  133  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  38.18 
 
 
591 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2576  diguanylate cyclase  25.46 
 
 
931 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000375627  hitchhiker  0.0011212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.38 
 
 
364 aa  131  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
620 aa  131  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.61 
 
 
373 aa  131  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  40.74 
 
 
634 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  38.38 
 
 
332 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  31.79 
 
 
336 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.9 
 
 
458 aa  130  6e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.62 
 
 
668 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.37 
 
 
498 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  27.1 
 
 
930 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  36.65 
 
 
443 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 
1078 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  39.63 
 
 
325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  25.71 
 
 
1574 aa  128  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 
309 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
580 aa  127  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  35.8 
 
 
539 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.28 
 
 
227 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  37.99 
 
 
308 aa  127  5e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  40.36 
 
 
451 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2229  GGDEF domain-containing protein  25.61 
 
 
467 aa  127  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.161557  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35.71 
 
 
458 aa  127  5e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  34.85 
 
 
340 aa  127  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.13 
 
 
659 aa  127  7e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.75 
 
 
438 aa  126  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  36.7 
 
 
432 aa  126  9e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  40.48 
 
 
439 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.73 
 
 
316 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  39.02 
 
 
477 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 
302 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  26.15 
 
 
934 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  38.24 
 
 
302 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.81 
 
 
477 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
559 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 
416 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
559 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  35.9 
 
 
949 aa  124  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 
686 aa  124  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  37.65 
 
 
420 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  42.04 
 
 
671 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  36.18 
 
 
357 aa  124  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 
416 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  37.77 
 
 
629 aa  124  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  38.95 
 
 
320 aa  124  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.28 
 
 
419 aa  123  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>