More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1171 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  100 
 
 
674 aa  1390    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  35.98 
 
 
686 aa  347  5e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  33.98 
 
 
721 aa  328  3e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.28 
 
 
1075 aa  278  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 
915 aa  273  7e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 
1004 aa  264  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 
1004 aa  261  3e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
1238 aa  256  6e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  39.66 
 
 
593 aa  251  2e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  35.22 
 
 
1065 aa  226  2e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  41.1 
 
 
778 aa  216  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  35.76 
 
 
856 aa  211  3e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  35.05 
 
 
821 aa  192  1e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.54 
 
 
775 aa  192  2e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  32.03 
 
 
794 aa  174  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  33.81 
 
 
375 aa  161  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.07 
 
 
877 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.76 
 
 
710 aa  152  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  32.52 
 
 
893 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.71 
 
 
896 aa  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
314 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  43.98 
 
 
357 aa  140  8.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.49 
 
 
407 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1619  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.53 
 
 
632 aa  138  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.702165  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.26 
 
 
586 aa  137  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.34 
 
 
550 aa  137  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  39.44 
 
 
574 aa  137  7.000000000000001e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
466 aa  137  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.31 
 
 
550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
460 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  38.25 
 
 
548 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
921 aa  135  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.98 
 
 
1299 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  30.33 
 
 
382 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481096  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3556  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.29 
 
 
905 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.88325  normal  0.39495 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.66 
 
 
1294 aa  134  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.32 
 
 
344 aa  134  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  43.53 
 
 
688 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 
438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.73 
 
 
949 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
331 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.64 
 
 
990 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.74 
 
 
446 aa  132  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4179  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.74 
 
 
446 aa  132  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.206948  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
599 aa  131  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.02 
 
 
797 aa  131  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.46 
 
 
329 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.19 
 
 
343 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  33.87 
 
 
334 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 
512 aa  130  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
324 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 
310 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03147  hypothetical protein  30.07 
 
 
450 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.601264  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.06 
 
 
466 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 
466 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 
466 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 
466 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.36 
 
 
444 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  33.87 
 
 
334 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2345  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
346 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.184389  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 
454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.06 
 
 
454 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.06 
 
 
466 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 
430 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.5 
 
 
381 aa  129  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.38 
 
 
315 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  37.24 
 
 
614 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
307 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 
628 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.27 
 
 
342 aa  129  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.21 
 
 
335 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.14 
 
 
457 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1437  NMT1/THI5 like domain protein  30.54 
 
 
378 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.27 
 
 
345 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.27 
 
 
346 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.47 
 
 
730 aa  128  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
324 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 
454 aa  128  4.0000000000000003e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 
564 aa  128  4.0000000000000003e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
324 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
381 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  37.08 
 
 
628 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  40.61 
 
 
578 aa  127  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 
769 aa  127  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.76 
 
 
432 aa  127  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 
827 aa  127  7e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  41.62 
 
 
612 aa  127  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 
536 aa  127  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  31.14 
 
 
364 aa  127  1e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.31 
 
 
704 aa  127  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3605  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.59 
 
 
610 aa  126  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.150413  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
381 aa  126  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  33.76 
 
 
620 aa  126  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  41.18 
 
 
1644 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.86 
 
 
571 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 
381 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  43.83 
 
 
301 aa  126  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.47 
 
 
792 aa  126  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.55 
 
 
323 aa  126  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>