More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0885 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  100 
 
 		 712 aa  1458    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  28.79 
 
 		 714 aa  293  8e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  26.65 
 
 		 935 aa  251  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  32.78 
 
 		 794 aa  247  4.9999999999999997e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 775 aa  243  6e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 458 aa  229  1e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.9 
 
 		 474 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 778 aa  213  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  26.91 
 
 		 482 aa  209  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  26.33 
 
 		 483 aa  209  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  26.46 
 
 		 482 aa  207  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 464 aa  207  8e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  25.83 
 
 		 1574 aa  201  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 507 aa  201  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  28.54 
 
 		 507 aa  200  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.7 
 
 		 484 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  25.73 
 
 		 489 aa  192  1e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  27.93 
 
 		 488 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.85 
 
 		 2654 aa  179  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  24.32 
 
 		 2035 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  22.91 
 
 		 1251 aa  167  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0687  ATP-binding region ATPase domain protein  23.68 
 
 		 813 aa  161  3e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.45 
 
 		 772 aa  156  1e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.31 
 
 		 1078 aa  155  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 611 aa  154  4e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.95 
 
 		 2213 aa  153  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 487 aa  151  5e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.47 
 
 		 901 aa  150  7e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  34.29 
 
 		 292 aa  150  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.58 
 
 		 610 aa  150  8e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  22.55 
 
 		 955 aa  150  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 686 aa  148  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 336 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 307 aa  146  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 556 aa  146  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 385 aa  145  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  44.13 
 
 		 457 aa  144  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.38 
 
 		 669 aa  144  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 539 aa  144  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 343 aa  144  6e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 439 aa  144  7e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 1339 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 659 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 505 aa  143  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  42.69 
 
 		 266 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 381 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.45 
 
 		 1410 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.59 
 
 		 1788 aa  142  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 800 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  44 
 
 		 316 aa  142  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 796 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  43.67 
 
 		 634 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.4 
 
 		 334 aa  141  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 301 aa  141  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.92 
 
 		 796 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  43.09 
 
 		 302 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 316 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 660 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 372 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3649  GGDEF family protein  42.41 
 
 		 456 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 559 aa  140  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 172 aa  140  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 660 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  38.46 
 
 		 460 aa  139  2e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  44.97 
 
 		 322 aa  139  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 501 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 525 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  42.94 
 
 		 443 aa  139  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 796 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 373 aa  139  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 659 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.46 
 
 		 457 aa  138  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.24 
 
 		 320 aa  137  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  40.96 
 
 		 323 aa  137  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 362 aa  137  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 355 aa  137  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 453 aa  137  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 308 aa  137  6.0000000000000005e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  40 
 
 		 477 aa  137  7.000000000000001e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 476 aa  137  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 		 454 aa  137  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 565 aa  137  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 323 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 796 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 332 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 471 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  40.56 
 
 		 1262 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.62 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 768 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 427 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 227 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 622 aa  135  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.34 
 
 		 457 aa  135  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 758 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 565 aa  135  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 323 aa  135  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 472 aa  135  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 610 aa  135  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.26 
 
 		 425 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>