More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2290 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  100 
 
 		 646 aa  1311    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.77 
 
 		 663 aa  253  7e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.75 
 
 		 1079 aa  248  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  38.66 
 
 		 565 aa  247  4e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 494 aa  243  5e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 613 aa  243  5e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 494 aa  240  5.999999999999999e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 668 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 668 aa  234  3e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  40.48 
 
 		 563 aa  232  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 1099 aa  229  9e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.78 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 594 aa  225  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1155  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 605 aa  224  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.290971  normal  0.125636 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.63 
 
 		 709 aa  223  7e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 555 aa  223  8e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  35.82 
 
 		 583 aa  221  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 574 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  41.04 
 
 		 273 aa  215  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  37 
 
 		 574 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 866 aa  205  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.41 
 
 		 596 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.77 
 
 		 728 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1298  diguanylate cyclase  33.61 
 
 		 576 aa  174  6.999999999999999e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.135306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 608 aa  169  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 714 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 638 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 523 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  30.48 
 
 		 356 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 530 aa  157  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  29.91 
 
 		 356 aa  154  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  35.77 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  47.4 
 
 		 721 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  30.57 
 
 		 353 aa  152  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.72 
 
 		 353 aa  152  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.46 
 
 		 550 aa  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.52 
 
 		 531 aa  147  6e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.25 
 
 		 675 aa  147  7.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.24 
 
 		 355 aa  146  9e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 564 aa  146  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.34 
 
 		 710 aa  145  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  45.62 
 
 		 548 aa  145  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 513 aa  144  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 309 aa  143  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 398 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.35 
 
 		 517 aa  142  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  32.16 
 
 		 510 aa  141  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.65 
 
 		 558 aa  141  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  44.39 
 
 		 525 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 314 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 572 aa  140  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 322 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 		 688 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.13 
 
 		 308 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  41.94 
 
 		 412 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 615 aa  137  5e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 718 aa  137  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4221  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.45 
 
 		 543 aa  137  7.000000000000001e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.363581  normal  0.801256 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  44.89 
 
 		 448 aa  137  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 324 aa  137  8e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 377 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.56 
 
 		 525 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.35 
 
 		 843 aa  136  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.63 
 
 		 916 aa  135  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  45.29 
 
 		 355 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.55 
 
 		 557 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.64 
 
 		 498 aa  134  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 316 aa  134  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 653 aa  134  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  26.69 
 
 		 640 aa  133  7.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 385 aa  133  9e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.34 
 
 		 531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 314 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 422 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  42.86 
 
 		 529 aa  133  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 603 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 753 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 1826 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.96 
 
 		 1125 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 498 aa  132  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 498 aa  132  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 374 aa  131  3e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 438 aa  132  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.81 
 
 		 563 aa  132  3e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 569 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.38 
 
 		 827 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 345 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  48.43 
 
 		 395 aa  131  4.0000000000000003e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 681 aa  131  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  48.43 
 
 		 395 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 472 aa  130  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2106  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 720 aa  130  6e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 363 aa  130  7.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 493 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 632 aa  130  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 361 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 469 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 322 aa  130  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 490 aa  130  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>