More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1169 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 596 aa  1210    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1155  diguanylate cyclase  42.76 
 
 		 605 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.290971  normal  0.125636 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  38.47 
 
 		 613 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0825  diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 594 aa  395  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  33.41 
 
 		 646 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 668 aa  195  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.74 
 
 		 668 aa  194  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 1099 aa  192  1e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36.02 
 
 		 565 aa  190  7e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.28 
 
 		 709 aa  189  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.13 
 
 		 609 aa  189  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.19 
 
 		 663 aa  179  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.23 
 
 		 728 aa  177  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.52 
 
 		 1079 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  34.21 
 
 		 563 aa  170  8e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  38.37 
 
 		 273 aa  167  4e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 555 aa  167  4e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  32.48 
 
 		 583 aa  160  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 866 aa  154  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 494 aa  153  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  30.97 
 
 		 494 aa  153  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 574 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 574 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1298  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 576 aa  141  3e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.135306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  26.99 
 
 		 608 aa  131  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.44 
 
 		 792 aa  130  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 525 aa  127  5e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.05 
 
 		 353 aa  125  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 733 aa  125  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 680 aa  124  4e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 372 aa  123  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 556 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 220 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 797 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 487 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 295 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  41.14 
 
 		 580 aa  120  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.79 
 
 		 461 aa  120  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 407 aa  120  7e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 490 aa  120  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 843 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 506 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  43.29 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.12 
 
 		 493 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 382 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 353 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 369 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 474 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 510 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 342 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  38.43 
 
 		 517 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  43.37 
 
 		 398 aa  118  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 352 aa  118  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 355 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 369 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 493 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  43.51 
 
 		 392 aa  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 353 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.54 
 
 		 355 aa  117  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  43.23 
 
 		 333 aa  117  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0426  putative GGDEF protein  39.64 
 
 		 413 aa  117  8.999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  31.39 
 
 		 753 aa  116  8.999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 532 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  41.67 
 
 		 461 aa  116  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  41.28 
 
 		 319 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 353 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  41.67 
 
 		 456 aa  116  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 508 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 342 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  35.96 
 
 		 528 aa  116  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.27 
 
 		 505 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 523 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3901  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.288073  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 490 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 615 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 492 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.32 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 401 aa  115  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 352 aa  115  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 340 aa  115  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 459 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 385 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 339 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.51 
 
 		 457 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 368 aa  114  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  42.95 
 
 		 325 aa  114  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.51 
 
 		 493 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 432 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 570 aa  113  8.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 184 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  28.64 
 
 		 650 aa  113  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 341 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 346 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>