More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0452 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  100 
 
 		 528 aa  1072    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001246  GGDEF family protein  41.94 
 
 		 527 aa  394  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436694  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05115  hypothetical protein  40.38 
 
 		 527 aa  382  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0086  GGDEF family protein  39.25 
 
 		 526 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0685503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.36 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 347 aa  123  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 351 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 402 aa  121  3e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 591 aa  121  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  39.29 
 
 		 337 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  32.17 
 
 		 609 aa  120  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 306 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 488 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  38.15 
 
 		 457 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.73 
 
 		 457 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 487 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2580  GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 		 1774 aa  116  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.386865  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40 
 
 		 485 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.76 
 
 		 355 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.96 
 
 		 596 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 432 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00630975  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 483 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 494 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.92 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 374 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 398 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 499 aa  114  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 482 aa  115  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 492 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  38.04 
 
 		 459 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 482 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  34.88 
 
 		 568 aa  114  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 569 aa  114  5e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  37.5 
 
 		 337 aa  114  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 382 aa  114  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.73 
 
 		 1079 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  39.38 
 
 		 470 aa  113  7.000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 494 aa  113  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  38.99 
 
 		 342 aa  113  9e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  34.85 
 
 		 462 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.46 
 
 		 410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  36.99 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 447 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  30.22 
 
 		 565 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.17 
 
 		 772 aa  112  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 532 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 551 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 353 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6813  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 285 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 641 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 342 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 408 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  31.63 
 
 		 466 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  36.07 
 
 		 292 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40 
 
 		 486 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  37.5 
 
 		 339 aa  110  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.75 
 
 		 609 aa  110  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 263 aa  110  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 583 aa  110  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 546 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 532 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 486 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  34 
 
 		 357 aa  110  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.89 
 
 		 457 aa  110  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 483 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 343 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.51 
 
 		 353 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 574 aa  110  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 564 aa  110  9.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  34.72 
 
 		 946 aa  110  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 576 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 942 aa  109  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 615 aa  109  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.75 
 
 		 709 aa  109  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  35.53 
 
 		 516 aa  109  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  31.73 
 
 		 418 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 372 aa  109  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.83 
 
 		 548 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 430 aa  109  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 353 aa  109  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 471 aa  109  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 259 aa  109  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  38.95 
 
 		 410 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 401 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.57 
 
 		 325 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>