More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05115 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05115  hypothetical protein  100 
 
 		 527 aa  1082    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0086  GGDEF family protein  69.96 
 
 		 526 aa  759    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0685503  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001246  GGDEF family protein  84.82 
 
 		 527 aa  923    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436694  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0452  putative GGDEF protein  40.38 
 
 		 528 aa  382  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  32.61 
 
 		 568 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 342 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 342 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 342 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 342 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  37 
 
 		 965 aa  118  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.27 
 
 		 297 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.13 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 317 aa  114  5e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  34.5 
 
 		 457 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  35.9 
 
 		 355 aa  114  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  40 
 
 		 545 aa  114  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 342 aa  114  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  43.12 
 
 		 355 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.41 
 
 		 297 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  40.83 
 
 		 520 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 794 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 227 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 354 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 546 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  25.38 
 
 		 609 aa  111  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 354 aa  111  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 368 aa  111  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 592 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  34.5 
 
 		 457 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  37.64 
 
 		 457 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 343 aa  110  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 551 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 362 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  43.56 
 
 		 319 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  34.78 
 
 		 457 aa  110  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  37.8 
 
 		 458 aa  110  9.000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  33.91 
 
 		 457 aa  110  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 351 aa  109  9.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.64 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  34.21 
 
 		 466 aa  109  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 354 aa  108  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 632 aa  108  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 355 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 350 aa  108  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 402 aa  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 661 aa  107  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 357 aa  107  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 642 aa  107  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 410 aa  107  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 493 aa  107  7e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 631 aa  107  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 353 aa  107  7e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.21 
 
 		 374 aa  107  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  34.76 
 
 		 316 aa  106  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 324 aa  106  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 507 aa  106  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 524 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  33.62 
 
 		 946 aa  106  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 645 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.82 
 
 		 531 aa  106  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1229  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 356 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586021  normal  0.0822929 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.59 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 454 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40 
 
 		 517 aa  105  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 333 aa  105  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 942 aa  104  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 527 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 354 aa  105  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 298 aa  104  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 263 aa  104  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 625 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 625 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  34.67 
 
 		 474 aa  104  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  38.41 
 
 		 460 aa  104  4e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 298 aa  104  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  40.12 
 
 		 448 aa  104  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 457 aa  104  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  40.49 
 
 		 645 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.44 
 
 		 505 aa  104  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 		 305 aa  104  5e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  34.65 
 
 		 454 aa  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 615 aa  103  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 355 aa  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  34.78 
 
 		 334 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 502 aa  103  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 622 aa  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  33.89 
 
 		 312 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  34.94 
 
 		 626 aa  103  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 696 aa  103  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0380  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 563 aa  103  8e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.620025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 625 aa  103  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 369 aa  103  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  39.88 
 
 		 325 aa  103  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 614 aa  103  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 378 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>