More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1933 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
298 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  90.2 
 
 
298 aa  540  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  89.86 
 
 
298 aa  537  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  69.67 
 
 
300 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  70.67 
 
 
300 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315516  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  68.46 
 
 
298 aa  386  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.07 
 
 
324 aa  196  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  49.7 
 
 
184 aa  153  4e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.68 
 
 
317 aa  149  7e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.31 
 
 
314 aa  149  7e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 
308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32 
 
 
308 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 
317 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 
317 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  49.13 
 
 
585 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  32.91 
 
 
634 aa  142  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 
322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.22 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  35.29 
 
 
414 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.33 
 
 
443 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.22 
 
 
419 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  33.66 
 
 
301 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.29 
 
 
335 aa  138  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  48.55 
 
 
585 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.12 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.88 
 
 
415 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2466  diguanylate cyclase  33.9 
 
 
406 aa  136  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0503371  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.79 
 
 
457 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.32 
 
 
458 aa  135  7.000000000000001e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  46.99 
 
 
492 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  31.13 
 
 
458 aa  135  8e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 
443 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.57 
 
 
316 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.44 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  32.87 
 
 
407 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1193  diguanylate cyclase  31.01 
 
 
415 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00199  response regulator/GGDEF domain protein  32.4 
 
 
426 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
309 aa  134  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  32.07 
 
 
414 aa  133  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.08 
 
 
457 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  34.35 
 
 
418 aa  133  3.9999999999999996e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.08 
 
 
457 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.33 
 
 
454 aa  132  6.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.95 
 
 
434 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.12 
 
 
314 aa  132  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  38.43 
 
 
457 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.63 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.02 
 
 
632 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.61 
 
 
466 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1684  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.74 
 
 
400 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.16221  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0581  response regulator  33.67 
 
 
417 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000040809  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.29 
 
 
572 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  36.45 
 
 
454 aa  129  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1723  diguanylate cyclase  33.22 
 
 
420 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.428268  hitchhiker  0.00000158997 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.23 
 
 
634 aa  129  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  30.03 
 
 
417 aa  129  8.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  38.08 
 
 
457 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.67 
 
 
436 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  33.78 
 
 
302 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.96 
 
 
455 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.97 
 
 
457 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  33.59 
 
 
422 aa  127  3e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  45.83 
 
 
422 aa  127  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  31.46 
 
 
301 aa  127  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.02 
 
 
322 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.38 
 
 
304 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  35.97 
 
 
457 aa  125  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.12 
 
 
322 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.06 
 
 
306 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  33.88 
 
 
461 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  33.44 
 
 
302 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  44.03 
 
 
296 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.29 
 
 
457 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2323  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.69 
 
 
445 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.123075  unclonable  0.0000172862 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.11 
 
 
307 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.94 
 
 
490 aa  123  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
611 aa  123  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.37 
 
 
316 aa  122  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.24 
 
 
490 aa  122  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  41.49 
 
 
341 aa  122  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03265  hypothetical protein  31.25 
 
 
403 aa  122  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 
550 aa  122  8e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
1774 aa  122  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  37.14 
 
 
457 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 
457 aa  122  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  31.44 
 
 
551 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.99 
 
 
556 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  32.65 
 
 
542 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  30.8 
 
 
418 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.51 
 
 
525 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  30.49 
 
 
460 aa  121  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.44 
 
 
308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0085  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.99 
 
 
453 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.22 
 
 
351 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.66 
 
 
780 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.58 
 
 
917 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  43.86 
 
 
401 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.14 
 
 
457 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33 
 
 
459 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.195913 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>