More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0629 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 626 aa  1280    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  50.67 
 
 		 627 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  41.89 
 
 		 604 aa  483  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 650 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  38.46 
 
 		 631 aa  404  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 628 aa  402  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 646 aa  399  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 646 aa  399  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 672 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 672 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  37.88 
 
 		 626 aa  386  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 640 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 636 aa  382  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 646 aa  376  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 627 aa  362  2e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 627 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 369 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 311 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.34 
 
 		 730 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  40 
 
 		 247 aa  135  3e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 620 aa  134  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 373 aa  133  9e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.91 
 
 		 438 aa  133  9e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 469 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 635 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 		 496 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 345 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 661 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 350 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.51 
 
 		 901 aa  130  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 680 aa  130  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.75 
 
 		 413 aa  130  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  36.62 
 
 		 516 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 1774 aa  129  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 321 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  29.71 
 
 		 431 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 474 aa  128  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 559 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  45.51 
 
 		 443 aa  128  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 506 aa  127  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 470 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 508 aa  127  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 580 aa  126  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 378 aa  126  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 422 aa  126  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 314 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 322 aa  126  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 794 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 298 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  38.12 
 
 		 634 aa  125  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  38.1 
 
 		 427 aa  125  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 495 aa  125  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 501 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  40.99 
 
 		 600 aa  125  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 531 aa  125  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 237 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 307 aa  124  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 357 aa  124  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  41.46 
 
 		 458 aa  124  7e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  36.05 
 
 		 344 aa  123  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  35.63 
 
 		 388 aa  123  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  38.69 
 
 		 431 aa  123  9e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.99 
 
 		 722 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 485 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.99 
 
 		 860 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 362 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 522 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 		 323 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.85 
 
 		 474 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.62 
 
 		 1000 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 325 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 659 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 583 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 304 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.64 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.65 
 
 		 698 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 690 aa  122  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.95 
 
 		 1078 aa  122  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 486 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 542 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 477 aa  121  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0579  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 315 aa  120  6e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  33.48 
 
 		 621 aa  120  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 295 aa  120  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 		 477 aa  120  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  40.99 
 
 		 458 aa  120  7e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  35.14 
 
 		 323 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.94 
 
 		 346 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 345 aa  120  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 426 aa  120  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 492 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 308 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 403 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 220 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 554 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.94 
 
 		 345 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>